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- PDB-7xsv: Crystal Structures of PIM1 in Complex with Macrocyclic Compound H3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xsv
タイトルCrystal Structures of PIM1 in Complex with Macrocyclic Compound H3
要素Serine/threonine-protein kinase pim-1
キーワードTRANSFERASE / Pim-1 kinase / Compound H3 / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I4M / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Shen, C. / Xie, Y. / Ren, X. / Zhou, Y. / Niu, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Beijing Municipal Science & Technology CommissionZ201100005320012 中国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Design, synthesis, and bioactivity evaluation of macrocyclic benzo[b]pyrido[4,3-e][1,4]oxazine derivatives as novel Pim-1 kinase inhibitors.
著者: Xu, J. / Shen, C. / Xie, Y. / Qiu, B. / Ren, X. / Zhou, Y. / Li, G. / Zheng, G. / Huang, N.
履歴
登録2022年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase pim-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6482
ポリマ－33,2931
非ポリマー3551
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.111, 97.111, 78.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase pim-1


分子量: 33292.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3
参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-I4M / 8-Methyl-2,5,20-trioxa-8,13,17-triazatetracyclo[11.10.2.014,19.021,25]pentacosa-1(24),14(19),15,17,21(25),22-hexaene


分子量: 355.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 % / Mosaicity: 0.34 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.4M POTASSIUM SODIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→41.36 Å / Num. obs: 11558 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 62.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 223541 / Scaling rejects: 36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.7919.91.6263148515800.6810.3721.6692.496.8
8.81-41.3614.80.05652013510.9980.0140.05840.198.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSFeb 5, 2021データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KZI

6kzi


解像度: 2.66→31.79 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 1138 9.87 %
Rwork0.1927 10391 -
obs0.1969 11529 94.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.54 Å2 / Biso mean: 69.231 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 26 16 2269
Biso mean--57.33 59.99 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.66-2.780.32421540.283713741528100
2.78-2.930.35081470.270513641511100
2.93-3.110.32671500.245813751525100
3.11-3.330.28461420.22691248139099
3.38-3.690.25671110.20921004111582
3.69-4.220.23641340.17171229136389
4.22-5.310.16981510.155313801531100
5.31-31.790.20171490.176514171566100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.3593 Å / Origin y: 27.0983 Å / Origin z: 0.8465 Å
111213212223313233
T0.3705 Å2-0.031 Å2-0.0579 Å2-0.3544 Å2-0.0308 Å2--0.3765 Å2
L2.687 °21.5997 °2-0.923 °2-4.131 °2-1.3502 °2--2.8114 °2
S0.1618 Å °-0.0298 Å °0.1592 Å °0.1095 Å °-0.0349 Å °0.5086 Å °-0 Å °0.1903 Å °-0.1015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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