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- PDB-7xsu: Cardiac sodium channel in complex with LqhIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xsu
タイトルCardiac sodium channel in complex with LqhIII
要素
  • Alpha-like toxin Lqh3
  • Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TOXIN / cardiac sodium channel / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential ...voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential / sodium channel complex / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac ventricle development / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / brainstem development / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / positive regulation of action potential / telencephalon development / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / sodium ion import across plasma membrane / sodium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle cell contraction / ankyrin binding / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / nitric-oxide synthase binding / fibroblast growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / regulation of heart rate by cardiac conduction / lateral plasma membrane / intercalated disc / host cell membrane / membrane depolarization / neuronal action potential / positive regulation of heart rate / cardiac muscle contraction / T-tubule / sodium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / cellular response to calcium ion / bioluminescence / cerebellum development / positive regulation of epithelial cell proliferation / generation of precursor metabolites and energy / defense response / sarcolemma / caveola / Z disc / toxin activity / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / axon / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / protein kinase binding / virion attachment to host cell / perinuclear region of cytoplasm / virion membrane / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Voltage gated sodium channel, alpha-5 subunit / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain ...: / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Voltage gated sodium channel, alpha-5 subunit / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / beta-D-mannopyranose / G protein/GFP fusion protein / Sodium channel protein type 5 subunit alpha / Alpha-like toxin Lqh3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiang, D. / Catterall, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Nav1.5 Opening Modulated by a Gating Modifier Toxin
著者: Jiang, D. / Catterall, W.A.
履歴
登録2022年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein
B: Alpha-like toxin Lqh3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,24315
ポリマ－216,1042
非ポリマー6,13913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein / Sodium channel protein cardiac muscle subunit alpha / Sodium channel protein type V subunit alpha / ...Sodium channel protein cardiac muscle subunit alpha / Sodium channel protein type V subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.5


分子量: 209037.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: rat cardiac sodium channel with a GFP-Flag tag fused at the C-terminus
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
遺伝子: Scn5a, G, GFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15389, UniProt: B7UCZ6
#2: タンパク質 Alpha-like toxin Lqh3 / Lqh III / LqhIII


分子量: 7065.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
参照: UniProt: P56678

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糖 , 2種, 6分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 7分子

#5: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H56O5 / コメント: 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1cardiac sodium channel complexed with toxin LqhIIICOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2cardiac sodium channel with a GFP-Flag tag fused at the C-terminusCOMPLEX1RECOMBINANT
3LqhIIICOMPLEX1SYNTHETIC
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
22Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)582817
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6.1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198350 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0149673
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0713067
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.9041455
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561516
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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