PDB-7xsi: SdnG, a Diels Alderase catalyzed the formation of norbornene skel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xsi

タイトル

SdnG, a Diels Alderase catalyzed the formation of norbornene skeleton in Sordarin biosynthetic pathway

要素

Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pericyclase / Diel Alderase

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

機能・相同性情報

生物種

Sordaria araneosa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhang, B. / Ge, H.M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Biosynthesis of Sordarin Revealing a Diels-Alderase for the Formation of the Norbornene Skeleton.
著者: Liu, S.H. / Sun, J.L. / Hu, Y.L. / Zhang, L. / Zhang, X. / Yan, Z.Y. / Guo, X. / Guo, Z.K. / Jiao, R.H. / Zhang, B. / Tan, R.X. / Ge, H.M.

履歴

登録	2022年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2023年10月18日	ID: 7XFK
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_PDB_obs_spr / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xsi.cif.gz	215 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xsi.ent.gz	170.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

A: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

C: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

D: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

E: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

F: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

G: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

H: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

145 kDa, 8 ポリマー
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1

B: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

A: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

D: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

F: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

H: Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.870, 64.920, 83.990
Angle α, β, γ (deg.)	70.580, 72.430, 88.010
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ALA	ALA	B	A	7 - 134	24 - 151
2	1	GLN	GLN	ALA	ALA	A	B	7 - 134	24 - 151
1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	A	6 - 135	23 - 152
2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	6 - 135	23 - 152
1	3	GLN	GLN	ALA	ALA	B	A	7 - 134	24 - 151
2	3	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	7 - 134	24 - 151
1	4	ILE	ILE	LEU	LEU	B	A	6 - 135	23 - 152
2	4	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	6 - 135	23 - 152
1	5	GLN	GLN	ALA	ALA	B	A	7 - 134	24 - 151
2	5	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	7 - 134	24 - 151
1	6	ILE	ILE	LEU	LEU	B	A	6 - 135	23 - 152
2	6	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 135	23 - 152
1	7	GLN	GLN	ALA	ALA	B	A	7 - 134	24 - 151
2	7	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	7 - 134	24 - 151
1	8	GLN	GLN	ALA	ALA	A	B	7 - 134	24 - 151
2	8	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	7 - 134	24 - 151
1	9	GLN	GLN	HIS	HIS	A	B	7 - 136	24 - 153
2	9	GLN	GLN	HIS	HIS	D	D	7 - 136	24 - 153
1	10	GLN	GLN	ALA	ALA	A	B	7 - 134	24 - 151
2	10	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	7 - 134	24 - 151
1	11	GLN	GLN	HIS	HIS	A	B	7 - 136	24 - 153
2	11	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	7 - 136	24 - 153
1	12	GLN	GLN	ALA	ALA	A	B	7 - 134	24 - 151
2	12	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	7 - 134	24 - 151
1	13	GLN	GLN	HIS	HIS	A	B	7 - 136	24 - 153
2	13	GLN	GLN	HIS	HIS	H	H	7 - 136	24 - 153
1	14	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	7 - 134	24 - 151
2	14	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	7 - 134	24 - 151
1	15	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	6 - 135	23 - 152
2	15	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	6 - 135	23 - 152
1	16	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	7 - 134	24 - 151
2	16	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	7 - 134	24 - 151
1	17	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	6 - 135	23 - 152
2	17	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 135	23 - 152
1	18	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	7 - 134	24 - 151
2	18	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	7 - 134	24 - 151
1	19	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	7 - 134	24 - 151
2	19	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	7 - 134	24 - 151
1	20	GLN	GLN	HIS	HIS	D	D	7 - 136	24 - 153
2	20	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	7 - 136	24 - 153
1	21	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	7 - 134	24 - 151
2	21	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	7 - 134	24 - 151
1	22	GLN	GLN	HIS	HIS	D	D	7 - 136	24 - 153
2	22	GLN	GLN	HIS	HIS	H	H	7 - 136	24 - 153
1	23	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	7 - 134	24 - 151
2	23	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	7 - 134	24 - 151
1	24	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	6 - 135	23 - 152
2	24	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 135	23 - 152
1	25	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	7 - 134	24 - 151
2	25	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	7 - 134	24 - 151
1	26	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	7 - 134	24 - 151
2	26	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	7 - 134	24 - 151
1	27	GLN	GLN	HIS	HIS	F	F	7 - 136	24 - 153
2	27	GLN	GLN	HIS	HIS	H	H	7 - 136	24 - 153
1	28	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	7 - 134	24 - 151
2	28	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	7 - 134	24 - 151

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Sordarin/hypoxysordarin biosynthesis cluster protein G 分子量: 18153.420 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria araneosa (菌類) / 遺伝子: sdnG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1B4XBH4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium di-hydrogen phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 50 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97852 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→57.99 Å / Num. obs: 28569 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 97465 / Scaling rejects: 54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.83	3.6	1.016	13432	3783	0.538	0.632	1.2	1.4	97.8
8.95-57.99	3.8	0.042	3030	793	0.997	0.024	0.048	30.2	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.7	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→57.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 23.64 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2779	1831	6.9 %	RANDOM
R_work	0.2282	-	-	-
obs	0.2317	24674	91.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.47 Å² / B_iso mean: 82.518 Å² / B_iso min: 33.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.55 Å²	0.43 Å²	0.33 Å²
2-	-	-1.36 Å²	0.11 Å²
3-	-	-	-1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→57.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8116	0	0	17	8133
B_iso mean	-	-	-	48.54	-
残基数	-	-	-	-	1040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.652	11149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.169	1.587	17912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.348	5	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.234	22.847	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.943	15	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.449	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1826

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	3704	0.11
1	2	A	3704	0.11
2	1	B	3695	0.12
2	2	C	3695	0.12
3	1	B	3721	0.11
3	2	D	3721	0.11
4	1	B	3746	0.11
4	2	E	3746	0.11
5	1	B	3598	0.13
5	2	F	3598	0.13
6	1	B	3670	0.13
6	2	G	3670	0.13
7	1	B	3628	0.13
7	2	H	3628	0.13
8	1	A	3629	0.12
8	2	C	3629	0.12
9	1	A	3805	0.1
9	2	D	3805	0.1
10	1	A	3685	0.11
10	2	E	3685	0.11
11	1	A	3708	0.12
11	2	F	3708	0.12
12	1	A	3626	0.12
12	2	G	3626	0.12
13	1	A	3681	0.12
13	2	H	3681	0.12
14	1	C	3669	0.12
14	2	D	3669	0.12
15	1	C	3653	0.13
15	2	E	3653	0.13
16	1	C	3574	0.13
16	2	F	3574	0.13
17	1	C	3652	0.13
17	2	G	3652	0.13
18	1	C	3604	0.13
18	2	H	3604	0.13
19	1	D	3658	0.11
19	2	E	3658	0.11
20	1	D	3725	0.11
20	2	F	3725	0.11
21	1	D	3641	0.12
21	2	G	3641	0.12
22	1	D	3718	0.12
22	2	H	3718	0.12
23	1	E	3584	0.13
23	2	F	3584	0.13
24	1	E	3691	0.12
24	2	G	3691	0.12
25	1	E	3588	0.13
25	2	H	3588	0.13
26	1	F	3560	0.13
26	2	G	3560	0.13
27	1	F	3694	0.12
27	2	H	3694	0.12
28	1	G	3612	0.13
28	2	H	3612	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.467	101	-
R_work	0.431	1476	-
all	-	1577	-
obs	-	-	74.46 %

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