PDB-7xsa: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xsa

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor binding domain bound with P2S-2E9 Fab

要素

P2S-2E9 Heavy chain
P2S-2E9 Light chain
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 spike / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wang, X. / Wang, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2023
タイトル: Infection with wild-type SARS-CoV-2 elicits broadly neutralizing and protective antibodies against omicron subvariants.
著者: Ju, B. / Zhang, Q. / Wang, Z. / Aw, Z.Q. / Chen, P. / Zhou, B. / Wang, R. / Ge, X. / Lv, Q. / Cheng, L. / Zhang, R. / Wong, Y.H. / Chen, H. / Wang, H. / Shan, S. / Liao, X. / Shi, X. / Liu, L. ...

履歴

登録	2022年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xsa.cif.gz	242.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xsa.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xsa_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xsa_full_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示
XML形式データ	7xsa_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	7xsa_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/7xsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xs8C 7xsbC 7xscC 6m0jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (3) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (3)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (2)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

B: P2S-2E9 Heavy chain

C: P2S-2E9 Light chain

E: Spike protein S1

H: P2S-2E9 Heavy chain

I: P2S-2E9 Light chain

J: Spike protein S1

146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: P2S-2E9 Heavy chain

C: P2S-2E9 Light chain

E: Spike protein S1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
73.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: P2S-2E9 Heavy chain

I: P2S-2E9 Light chain

J: Spike protein S1

登録者が定義した集合体
73.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.951, 70.800, 127.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	P2S-2E9 Heavy chain 分子量: 23451.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	P2S-2E9 Light chain 分子量: 22608.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 27105.496 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 4.8, 11% w/v Polyethylene glycol 10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 72654 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 408404

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.25	4	1.286	4726	0.507	0.82	0.69	1.466	0.862	97.2
2.25-2.31	4.4	1.133	4689	0.568	0.851	0.579	1.278	0.894	97.1
2.31-2.37	5.4	1.104	4858	0.686	0.902	0.516	1.222	0.916	99.4
2.37-2.44	5.8	0.952	4851	0.757	0.928	0.43	1.046	0.9	99.6
2.44-2.52	6	0.765	4824	0.837	0.955	0.342	0.84	0.897	99.7
2.52-2.61	5.9	0.587	4855	0.879	0.967	0.264	0.645	0.904	99.7
2.61-2.71	5.8	0.427	4835	0.934	0.983	0.193	0.47	0.917	99.6
2.71-2.84	5.5	0.301	4771	0.961	0.99	0.138	0.333	0.956	97.9
2.84-2.99	6.1	0.214	4874	0.978	0.995	0.094	0.234	1.005	99.8
2.99-3.17	6.1	0.158	4835	0.988	0.997	0.07	0.173	1.074	99.9
3.17-3.42	6	0.109	4875	0.992	0.998	0.048	0.12	1.098	99.7
3.42-3.76	5.6	0.08	4833	0.994	0.998	0.037	0.088	1.069	98.9
3.76-4.31	6.2	0.064	4923	0.996	0.999	0.028	0.07	1.086	99.9
4.31-5.42	5.8	0.054	4902	0.996	0.999	0.025	0.06	1.163	99.2
5.42-50	5.8	0.049	5003	0.998	0.999	0.022	0.054	1.14	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j

解像度: 2.2→32.41 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	3580	4.93 %
R_work	0.2312	-	-
obs	0.2338	72548	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9285	0	0	0	9285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	13047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.165	1322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3426	129	0.3176	2497	X-RAY DIFFRACTION	94
2.23-2.26	0.3693	138	0.3202	2604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.26-2.29	0.3649	128	0.3248	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.33	0.3751	134	0.3286	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.36	0.4183	135	0.3196	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.3592	145	0.3158	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.44	0.3638	133	0.2961	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.3455	131	0.2909	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.3888	128	0.2901	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.59	0.3454	141	0.2858	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.64	0.3447	121	0.2798	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.7	0.3451	144	0.2864	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.3426	141	0.2739	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.85	0.3008	140	0.2823	2601	X-RAY DIFFRACTION	97
2.85-2.93	0.3501	141	0.2637	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.02	0.3316	138	0.2748	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.13	0.3223	156	0.2717	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.26	0.3245	137	0.2629	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.3108	157	0.2586	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.59	0.2775	148	0.2492	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.81	0.2881	141	0.2307	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
3.81-4.1	0.2706	146	0.2099	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.51	0.2274	135	0.1784	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.17	0.2017	137	0.1604	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
5.17-6.5	0.2287	126	0.1964	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5-32.41	0.2361	130	0.1948	2769	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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