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- PDB-7xs4: Crystal structure of URT1 in complex with AAAU RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xs4
タイトルCrystal structure of URT1 in complex with AAAU RNA
要素
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*U)-3')
  • UTP:RNA uridylyltransferase 1
キーワードPLANT PROTEIN/RNA / uridylation / mRNA / PLANT PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / miRNA catabolic process / RNA uridylyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / : / P-body / mRNA processing / mRNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / UTP:RNA uridylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.846 Å
データ登録者Hu, Q. / Zhu, L.R. / lv, M.Q. / Gong, Q.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071221 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism underlying the di-uridylation activity of Arabidopsis TUTase URT1.
著者: Hu, Q. / Yang, H. / Li, M. / Zhu, L. / Lv, M. / Li, F. / Zhang, Z. / Ren, G. / Gong, Q.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP:RNA uridylyltransferase 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5862
ポリマ－43,5862
非ポリマー00
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.164, 63.264, 81.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UTP:RNA uridylyltransferase 1


分子量: 42337.582 Da / 分子数: 1 / 変異: D547A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: URT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O64642, RNA uridylyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*U)-3')


分子量: 1248.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.06 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, 27% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.846→40 Å / Num. obs: 28694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 24.08
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 2803 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L3F

6l3f


解像度: 1.846→28.257 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1451 5.07 %
Rwork0.1732 27175 -
obs0.1746 28626 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.61 Å2 / Biso mean: 30.7172 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.846→28.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2583 83 0 269 2935
Biso mean---38.22 -
残基数----333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.846-1.91170.27621220.2231267098
1.9117-1.98830.24871560.19672667100
1.9883-2.07870.21421310.19072675100
2.0787-2.18830.22051700.17832666100
2.1883-2.32530.20481420.17612711100
2.3253-2.50480.20981690.17272674100
2.5048-2.75660.19431560.182690100
2.7566-3.15510.18541240.17612755100
3.1551-3.97330.17681150.15962814100
3.9733-28.2570.20221660.16692853100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7053-0.2068-0.03750.99550.22170.55160.03010.0145-0.0787-0.0446-0.04650.0738-0.0035-0.00420.01710.19010.0108-0.01550.1723-0.01640.1567-17.21820.4757-7.4328
27.13613.71080.67126.862-3.50275.2469-0.1163-0.38941.24980.6981-0.11490.4775-1.0636-0.02490.20130.4597-0.0009-0.00710.3931-0.10.5106-26.40238.9231-4.5258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 425 through 755)A425 - 755
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -2 through 1)B-2 - 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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