PDB-7xrx: insulin-cleaving membrane protease-ICMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xrx

タイトル

insulin-cleaving membrane protease-ICMP

要素

Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / metallopeptidase

機能・相同性

Imelysin-like domain / Imelysin-like domain superfamily / Imelysin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.882 Å

データ登録者

Wang, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of native and selenomethionine-substituted ICMP from P. aeruginosa
著者: Wang, J.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xrx.cif.gz	477.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xrx.ent.gz	394.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

B: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

C: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

ヘテロ分子

129 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.927, 78.141, 99.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Insulin-cleaving metalloproteinase outer membrane protein 分子量: 42998.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: icmP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW32
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tri-basic dihydrate at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.882→34.372 Å / Num. obs: 97961 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.839 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 54651 / CC_1/2: 0.839

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.882→34.372 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	4565	4.66 %
R_work	0.1459	93396	-
obs	0.1479	97961	97.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.42 Å² / B_iso mean: 23.046 Å² / B_iso min: 2.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.882→34.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9015	0	3	1487	10505
B_iso mean	-	-	20.88	34.03	-
残基数	-	-	-	-	1193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	12415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.529	5495

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8821-1.9035	0.2202	61	0.2014	1415	44
1.9035-1.9259	0.2649	137	0.1966	3092	97
1.9259-1.9493	0.2775	152	0.1897	3138	98
1.9493-1.974	0.2456	143	0.1744	3084	98
1.974-2	0.2318	137	0.166	3160	98
2-2.0274	0.2284	152	0.1582	3124	99
2.0274-2.0563	0.192	157	0.1566	3115	98
2.0563-2.087	0.2008	152	0.1476	3133	99
2.087-2.1196	0.1933	156	0.1474	3175	99
2.1196-2.1544	0.1901	158	0.1394	3153	99
2.1544-2.1915	0.2126	147	0.145	3175	99
2.1915-2.2314	0.1839	146	0.1431	3151	99
2.2314-2.2743	0.1911	158	0.1432	3149	99
2.2743-2.3207	0.179	143	0.1418	3204	99
2.3207-2.3711	0.2032	161	0.1455	3159	99
2.3711-2.4263	0.1916	168	0.1456	3133	99
2.4263-2.487	0.2107	155	0.1461	3183	99
2.487-2.5542	0.2185	173	0.1467	3156	99
2.5542-2.6293	0.1846	144	0.1478	3185	99
2.6293-2.7141	0.1736	126	0.1538	3210	100
2.7141-2.8111	0.1922	140	0.1532	3191	99
2.8111-2.9236	0.1914	144	0.1505	3209	100
2.9236-3.0566	0.19	168	0.1496	3162	100
3.0566-3.2176	0.1975	160	0.15	3219	100
3.2176-3.419	0.1833	178	0.1398	3192	100
3.419-3.6827	0.1528	188	0.1324	3174	100
3.6827-4.0528	0.1538	151	0.1271	3225	100
4.0528-4.6381	0.1589	145	0.1256	3248	100
4.6381-5.8388	0.181	196	0.1488	3202	100
5.8388-34.372	0.1755	169	0.1525	3280	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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