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- PDB-7xrv: Bacteroides thetaiotaomicron ferulic acid esterase - S150A (BT_40... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrv
タイトルBacteroides thetaiotaomicron ferulic acid esterase - S150A (BT_4077-S150A) complex with trans-methylferulate
要素Ferulic acid esterase
キーワードHYDROLASE / Esterase / Complex
機能・相同性: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Trans-methylferulate / Endo-1,4-beta-xylanase Z
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.713 Å
データ登録者Du, G.M. / Wang, Y.L. / Xin, F.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Distinct Adjacent Substrate Binding Pocket Regulates the Activity of a Decameric Feruloyl Esterase from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Wang, Y. / Du, G. / Zhang, Y. / Yu, H. / Liu, S. / Wang, Z. / Ma, X. / Wei, X. / Wen, B. / Li, Z. / Fan, S. / Xin, F.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_related / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulic acid esterase
B: Ferulic acid esterase
C: Ferulic acid esterase
D: Ferulic acid esterase
E: Ferulic acid esterase
F: Ferulic acid esterase
G: Ferulic acid esterase
H: Ferulic acid esterase
I: Ferulic acid esterase
J: Ferulic acid esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,09727
ポリマ－333,23810
非ポリマー1,85817
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20630 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area98540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.854, 153.548, 165.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ferulic acid esterase


分子量: 33323.828 Da / 分子数: 10 / 変異: S150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
遺伝子: BT_4077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A0E4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SZQ / Trans-methylferulate / methyl (~{E})-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enoate / フェルラ酸メチル


分子量: 208.211 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.16 M succinic acid (pH 7.0), 16% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→109.86 Å / Num. obs: 101667 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.241 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 969467 / Scaling rejects: 4427
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.71-2.868.21.068120484147010.760.3921.1382.9100
8.58-109.8610.60.0793702634800.9970.0250.08321.599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XRT

7xrt


解像度: 2.713→109.859 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1987 1.97 %
Rwork0.1792 99120 -
obs0.1801 101107 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.44 Å2 / Biso mean: 43.7279 Å2 / Biso min: 8.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.713→109.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21551 0 105 462 22118
Biso mean--71.5 35.9 -
残基数----2680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7131-2.7810.2981420.23437019100
2.781-2.85610.29391380.22387051100
2.8561-2.94020.30491450.22817037100
2.9402-3.03510.29881440.2347071100
3.0351-3.14360.28921350.21167035100
3.1436-3.26950.22861470.19197069100
3.2695-3.41830.2941340.2077103100
3.4183-3.59850.29151420.2275699599
3.5985-3.8240.27281420.2223696298
3.824-4.11920.26281400.198690497
4.1192-4.53380.15411440.12867133100
4.5338-5.18980.16031440.11697177100
5.1898-6.53850.19191450.14997221100
6.5385-109.8590.1641450.1387734398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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