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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xrt | ||||||
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タイトル | Bacteroides thetaiotaomicron ferulic acid esterase (BT_4077) | ||||||
![]() | Ferulic acid esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / esterase | ||||||
機能・相同性 | Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Alpha/Beta hydrolase fold / Endo-1,4-beta-xylanase Z![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Du, G.M. / Wang, Y.L. / Xin, F.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Insights into the regulatory mechanism of BtFae activity by oligomerization and a distinct substrate binding pocket adjacent to the active site 著者: Du, G.M. / Wang, Y.L. / Xin, F.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 919.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 533 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 551.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 110.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 154.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xrvC ![]() 5volS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33339.828 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_4077 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.0), 60% (v/v) MPD, 0.04 M potassium chloride, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.02 M Trimethylamine hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 229659 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 2788140 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VOL 解像度: 2.007→29.351 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.47 Å2 / Biso mean: 40.0273 Å2 / Biso min: 13.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.007→29.351 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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