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- PDB-7xrq: The Catalytic Core Structure of Cystathionine beta-Synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrq
タイトルThe Catalytic Core Structure of Cystathionine beta-Synthase from Candida albicans
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードLYASE / Cystathionine beta-synthase / Catalytic core center
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / hydrogen sulfide biosynthetic process / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process / traversing start control point of mitotic cell cycle / cysteine biosynthetic process from serine / transsulfuration / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Lou, H.X. / Yu, H.N. / Chang, W.Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81630093 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773786 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Inhibition of fungal pathogenicity by targeting the H 2 S-synthesizing enzyme cystathionine beta-synthase.
著者: Chang, W. / Zhang, M. / Jin, X. / Zhang, H. / Zheng, H. / Zheng, S. / Qiao, Y. / Yu, H. / Sun, B. / Hou, X. / Lou, H.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6303
ポリマ－76,5352
非ポリマー951
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.691, 83.795, 63.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase


分子量: 38267.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: CYS4, orf19.4536, CAALFM_C101870CA / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59T95, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22086 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Rsym value: 0.05 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 36.33
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1104 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.242 / Rrim(I) all: 0.636 / Rsym value: 0.588 / Χ2: 0.968 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4COO

4coo


解像度: 2.501→49.01 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1090 5.14 %
Rwork0.2006 --
obs0.2036 21222 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4372 0 5 125 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8016020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4251675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.501-2.61440.31481130.25381902X-RAY DIFFRACTION74
2.6144-2.75230.29941350.25412481X-RAY DIFFRACTION95
2.7523-2.92470.2941220.25092629X-RAY DIFFRACTION100
2.9247-3.15050.33141380.24152596X-RAY DIFFRACTION100
3.1505-3.46740.32131260.2262655X-RAY DIFFRACTION100
3.4674-3.9690.22841410.18982613X-RAY DIFFRACTION100
3.969-4.99970.21211510.15712628X-RAY DIFFRACTION100
4.9997-49.010.22921640.17162628X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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