PDB-7xro: LysR-family transcriptional regulator RipR effector binding domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xro

タイトル

LysR-family transcriptional regulator RipR effector binding domain with its effector, 3-phenylpropionic acid

要素

RipR

キーワード

TRANSCRIPTION / LTTR / host-pathogen interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ki, N. / Ha, N.-C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The activation mechanism of the itaconic acid-responsive LTTR RipR in the pathogenesis of the foodborne-pathogen Salmonella enterica
著者: Ki, N. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2022年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xro.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xro.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xro_validation.pdf.gz	757.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xro_full_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示
XML形式データ	7xro_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	7xro_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v5vSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: RipR

C: RipR

ヘテロ分子

45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.107, 83.107, 172.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	RipR / Itaconate degradation transcriptional regulator RipR / LysR family transcriptional regulator / ...Itaconate degradation transcriptional regulator RipR / LysR family transcriptional regulator / Putative transcriptional regulator 分子量: 22604.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌) 遺伝子: stmR, hcaR_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RQ20
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-HCI / HYDROCINNAMIC ACID / 3PP / 3-PHENYLPROPIONIC ACID / 3-フェニルプロピオン酸分子量: 150.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化	温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 1.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.97957 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97957 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→28.7 Å / Num. obs: 17475 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19.6 % / B_iso Wilson estimate: 86.29 Å² / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.095 / R_sym value: 0.093 / Net I/av σ(I): 7.8 / Net I/σ(I): 26.8 / Num. measured all: 341941

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.95	18.7	1.697	0.5	47185	2525	0.398	1.744	1.697	2.1	99.5
2.95-3.13	19.9	1.054	0.7	46608	2347	0.238	1.082	1.054	3.5	99
3.13-3.35	21.4	0.606	1.3	47861	2241	0.132	0.621	0.606	6.4	99.6
3.35-3.61	20.8	0.264	2.9	43924	2110	0.058	0.27	0.264	13.5	99.7
3.61-3.96	20.3	0.148	5.2	38612	1906	0.033	0.151	0.148	22.7	99.7
3.96-4.43	19.4	0.08	9.4	34481	1773	0.018	0.082	0.08	37.3	99.8
4.43-5.11	18.3	0.052	13.5	28777	1569	0.013	0.054	0.052	54.2	99.8
5.11-6.26	16.5	0.048	14.3	22010	1334	0.012	0.049	0.048	49.8	98.7
6.26-8.85	20.2	0.03	20.7	21444	1062	0.007	0.03	0.03	80.4	99.6
8.85-28.7	18.2	0.021	29	11039	608	0.005	0.021	0.021	106.5	95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定
HKL-2000	v722	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7V5V

7v5v

解像度: 2.8→28.7 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1739	9.97 %
R_work	0.2133	15703	-
obs	0.2177	17442	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 208.11 Å² / B_iso mean: 102.6834 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→28.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3139	0	21	26	3186
B_iso mean	-	-	103.02	89.82	-
残基数	-	-	-	-	410

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-2.88	0.3676	145	0.328	1312	1457	99
2.88-2.98	0.3804	142	0.336	1261	1403	98
2.98-3.08	0.3541	142	0.3347	1283	1425	99
3.08-3.2	0.4094	140	0.3121	1277	1417	99
3.21-3.35	0.3554	144	0.2963	1298	1442	99
3.35-3.53	0.3247	141	0.2689	1289	1430	99
3.53-3.75	0.2841	144	0.2449	1300	1444	99
3.75-4.04	0.2662	141	0.2205	1293	1434	99
4.04-4.44	0.2479	150	0.1947	1323	1473	100
4.44-5.08	0.1878	151	0.166	1317	1468	100
5.08-6.39	0.2534	147	0.1996	1343	1490	99
6.39-28.7	0.2019	152	0.1694	1407	1559	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0115	-0.4808	-2.9144	3.998	-0.1863	7.2803	-0.4317	-0.0387	-0.0859	0.0839	0.3084	-0.1903	0.5632	-0.3497	0.1106	0.5324	-0.0431	-0.0114	0.4428	0.0431	0.405	-29.0051	26.1197	-46.116
2	4.216	1.1478	3.4109	5.8961	-0.7978	7.0641	0.396	0.3438	0.7111	-0.063	-0.0589	0.0627	-1.2788	-1.2175	-0.3079	0.8352	0.1747	0.3652	1.0253	0.147	1.0678	-46.7939	42.3633	-35.9308
3	3.3375	-0.7109	-1.9674	1.634	0.6316	6.8399	0.2897	0.2345	0.2769	-0.1095	-0.0537	0.2434	-0.2474	-1.4854	-0.2109	0.4794	-0.0776	0.065	0.8117	0.1153	0.5805	-40.0027	29.7982	-42.3261
4	1.6968	-2.0202	-1.5589	9.4609	0.9467	9.57	0.2477	-0.5357	0.5626	0.2229	-0.3306	-0.3842	0.1395	0.9384	0.2633	0.5108	-0.2249	0.1062	1.005	0.003	0.7417	-37.5202	37.645	-15.5917
5	3.0229	-1.417	0.4934	6.9683	2.4801	6.7794	0.4593	-0.8789	-0.4406	0.6094	-0.4944	-0.2413	2.4012	-0.977	0.0727	1.4884	-0.2752	0.0671	1.0413	0.2595	0.7502	-36.6686	13.4963	-21.6494
6	7.8986	-3.1123	3.3644	8.001	-1.1308	6.4767	0.1668	-1.12	-0.1491	0.5116	0.2655	-0.6194	2.1205	0.3219	-0.3255	1.116	0.0357	0.0692	1.0007	0.0648	0.5848	-26.8728	17.4977	-26.4396
7	2.205	-1.3358	-2.5026	4.3037	0.9848	7.9276	-0.031	-0.597	0.0208	0.3524	0.0801	-0.2452	0.9881	0.2134	0.0561	0.7497	-0.1569	0.0775	1.1204	0.15	0.6571	-38.867	24.7406	-18.0257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 85 through 172 )	B	85 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 173 through 229 )	B	173 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 230 through 291 )	B	230 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 89 through 156 )	C	89 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 157 through 189 )	C	157 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 190 through 236 )	C	190 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 237 through 291 )	C	237 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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