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万見
- PDB-7xrg: ferritin nanocage assembly with nickel ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrg
タイトルferritin nanocage assembly with nickel ion
要素Ferritin
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Penaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, G.H. / Zhang, X.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972018 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ferritin nanocage assembly with nickel ion
著者: Zhao, G.H. / Zhang, X.R.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8125
ポリマ－19,5831
非ポリマー2294
水1,71195
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,488120
ポリマ－469,99024
非ポリマー5,49896
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_564x,-y+1,-z-11
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
crystal symmetry operation6_665z+1,-x+1,-y1
crystal symmetry operation7_564-z,-x+1,y-11
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation10_665-y+1,z+1,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_654-y+1,-z,x-11
crystal symmetry operation13_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation14_664-y+1,-x+1,-z-11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_565x,z+1,-y1
crystal symmetry operation18_664-x+1,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_554x,-z,y-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation22_664z+1,-y+1,x-11
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
crystal symmetry operation24_565-z,-y+1,-x1
Buried area95710 Å2
ΔGint-943 kcal/mol
Surface area133300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.278, 117.278, 117.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NI

21A-202-

NI

31A-380-

HOH

41A-384-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19582.912 Da / 分子数: 1 / 変異: Q81E, Q88R, T158H, L160H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus japonicus (クルマエビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2B7E1, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: hepes, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58.64 Å / Num. obs: 21291 / % possible obs: 95.12 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 1833 / CC1/2: 0.992

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4U

6a4u


解像度: 1.9→58.64 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2000 9.39 %
Rwork0.1898 19291 -
obs0.1928 21291 95.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.43 Å2 / Biso mean: 29.4943 Å2 / Biso min: 12.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→58.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 4 95 1465
Biso mean--42.22 32.26 -
残基数----169
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.950.31211200.24441158127883
1.95-20.24481300.21811249137988
2-2.060.23031370.21131319145693
2.06-2.120.288960.2021932102866
2.13-2.20.24111460.197514161562100
2.2-2.290.28231490.204914311580100
2.29-2.390.2661500.199314401590100
2.39-2.520.27241460.215614151561100
2.52-2.680.21761500.207714431593100
2.68-2.880.2341480.216314361584100
2.88-3.170.24721520.207514591611100
3.18-3.630.22231520.188114721624100
3.63-4.580.19121550.156614981653100
4.58-58.640.17291690.167116231792100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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