PDB-7xrd: Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xrd

タイトル

Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane

要素

ADP-ribosylation factor 6

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / small GTPase / helical polymer / membrane tubulation

機能・相同性

機能・相同性情報

erythrocyte apoptotic process / protein localization to cleavage furrow / maintenance of postsynaptic density structure / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of dendritic spine development / establishment of epithelial cell polarity / protein localization to endosome / negative regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of dendrite development / negative regulation of receptor-mediated endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Pang, X.Y. / Zhang, Y. / Sun, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane
著者: Pang, X.Y. / Zhang, Y. / Sun, F. / Egelman, E.

履歴

登録	2022年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xrd.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xrd.ent.gz	105.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7xrd_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xrd_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7xrd_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	7xrd_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xrd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	33414MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor 6

B: ADP-ribosylation factor 6

C: ADP-ribosylation factor 6

D: ADP-ribosylation factor 6

ヘテロ分子

86.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor 6 分子量: 21050.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62330
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称	回転角度/サブユニット: 27.28 ° / 軸方向距離/サブユニット: 28.01 Å / らせん対称軸の対称性: C5
3次元再構成	解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20820 / 対称性のタイプ: HELICAL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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