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- PDB-7xra: Drimenyl diphosphate synthase D303A from Streptomyces showdoensis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xra
タイトルDrimenyl diphosphate synthase D303A from Streptomyces showdoensis in complex with farnesyl diphosphate (FPP) and Mg2+
要素SQHop_cyclase_C domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Terpene synthases / type II TSs
機能・相同性
機能・相同性情報


lanosterol synthase activity / triterpenoid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / lipid droplet / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / Squalene cyclase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces showdoensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pan, X.M. / Du, W.Y. / Yang, Q. / Zhang, B. / Dong, L.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073746 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery, Structure, and Mechanism of a Class II Sesquiterpene Cyclase.
著者: Pan, X. / Du, W. / Zhang, X. / Lin, X. / Li, F.R. / Yang, Q. / Wang, H. / Rudolf, J.D. / Zhang, B. / Dong, L.B.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SQHop_cyclase_C domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4754
ポリマ－55,0441
非ポリマー4313
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.240, 113.620, 180.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 SQHop_cyclase_C domain-containing protein / Drimenyl diphosphate synthase


分子量: 55044.164 Da / 分子数: 1 / 変異: D303A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces showdoensis (バクテリア)
遺伝子: VO63_21045 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P2GK84
#2: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60.02 Å / Num. obs: 38605 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.84 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 129439 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-23.30.558889826750.7620.3570.6652.299.9
8.94-60.022.50.03410574200.9980.0240.04214.493.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XQZ

7xqz


解像度: 1.95→30.42 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 1999 5.19 %
Rwork0.1771 36535 -
obs0.1794 38534 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.97 Å2 / Biso mean: 22.8243 Å2 / Biso min: 8.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→30.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3709 0 51 385 4145
Biso mean--33.34 28.24 -
残基数----493
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.24991400.207925702710100
2-2.050.27251410.19932575271699
2.05-2.110.21421420.176625792721100
2.11-2.180.22711410.17725862727100
2.18-2.260.21881420.176625892731100
2.26-2.350.23211420.174126022744100
2.35-2.460.22341420.18426102752100
2.46-2.590.25291440.185226162760100
2.59-2.750.26961410.199525792720100
2.75-2.960.27581430.20862631277499
2.96-3.260.24731430.19092612275599
3.26-3.730.18191430.15982617276099
3.73-4.690.17411460.142656280299
4.69-30.420.21341490.17882713286297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.0762 Å / Origin y: -5.203 Å / Origin z: -21.3925 Å
111213212223313233
T0.0564 Å20.0154 Å20.0049 Å2-0.0882 Å20.004 Å2--0.093 Å2
L0.1048 °2-0.0321 °20.044 °2-0.4001 °20.2269 °2--0.7419 °2
S0.0039 Å °0.0045 Å °0.0164 Å °0.0032 Å °0.0078 Å °-0.0032 Å °-0.0079 Å °-0.0456 Å °0.0038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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