PDB-7xr9: Crystal structure of DgpA with glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xr9

タイトル

Crystal structure of DgpA with glucose

要素

DgpA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / C-glycoside cleavage / C-glycoside isomeriase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

human intestinal bacterium PUE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Ma, W. / He, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of a dual-functional enzyme DgpA/B/C as both a C -glycoside cleaving enzyme and an O - to C -glycoside isomerase.
著者: He, P. / Wang, S. / Li, S. / Liu, S. / Zhou, S. / Wang, J. / Tao, J. / Wang, D. / Wang, R. / Ma, W.

履歴

登録	2022年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xr9.cif.gz	784 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xr9.ent.gz	657.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xreC 7xrfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DgpA

B: DgpA

C: DgpA

D: DgpA

E: DgpA

F: DgpA

ヘテロ分子

246 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.330, 128.990, 204.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

DgpA

分子量: 40135.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

human intestinal bacterium PUE (バクテリア)
遺伝子: dgpA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q9WWX8

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→54.574 Å / Num. obs: 95822 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 16.5 % / CC_1/2: 0.86 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.4→3.4 Å / R_merge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 1253 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.42→22.501 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	4792	5.01 %
R_work	0.2224	-	-
obs	0.2247	95723	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→22.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15874	0	324	224	16422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	16738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.753	22669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.077	9840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	2505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2912

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.4475	0.3708	141	0.3477	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4475-2.4762	0.3655	141	0.3284	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4762-2.5064	0.3694	147	0.3117	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5064-2.5381	0.3667	140	0.3176	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5381-2.5714	0.3732	157	0.3128	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5714-2.6066	0.3642	169	0.3162	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6066-2.6438	0.3424	147	0.2904	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6438-2.6832	0.3215	154	0.2847	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6832-2.725	0.3179	166	0.2735	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.725-2.7696	0.3231	180	0.2722	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7696-2.8173	0.3442	165	0.2638	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8173-2.8684	0.3184	161	0.2661	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8684-2.9235	0.3602	142	0.256	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9235-2.983	0.2983	158	0.258	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.983-3.0478	0.3114	179	0.2642	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0478-3.1185	0.3514	161	0.2446	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1185-3.1962	0.2735	162	0.2443	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1962-3.2824	0.2987	147	0.2428	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2824-3.3787	0.2856	178	0.2349	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3787-3.4874	0.2778	161	0.2277	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4874-3.6115	0.2841	160	0.2261	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6115-3.7555	0.279	158	0.2216	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7555-3.9255	0.2611	167	0.2034	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9255-4.1313	0.2269	148	0.1928	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1313-4.3884	0.1849	156	0.178	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3884-4.7243	0.2037	172	0.1669	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7243-5.1944	0.2035	152	0.1809	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1944-5.934	0.257	162	0.2178	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
5.934-7.4312	0.2729	178	0.2158	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4312-22.501	0.2092	183	0.175	3241	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 110.0652 Å / Origin y: 64.9805 Å / Origin z: 127.6035 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2793 Å²	-0.0214 Å²	0.0081 Å²	-	0.2877 Å²	0.0238 Å²	-	-	0.2647 Å²
L	0.2031 °²	0.0258 °²	-0.0882 °²	-	0.2581 °²	0.0553 °²	-	-	0.1364 °²
S	0.0261 Å °	-0.0281 Å °	-0.0047 Å °	0.0049 Å °	-0.0036 Å °	0.0126 Å °	-0.0413 Å °	0.0367 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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