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- PDB-7xqu: The structure of FLA-E*00301/EM-FECV-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xqu
タイトルThe structure of FLA-E*00301/EM-FECV-10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • peptide from Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Peptide prensentation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / immune response / ribonucleoprotein complex / signaling receptor binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / extracellular space / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, alphacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, alphacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
Feline coronavirus (ネココロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. ...Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Wu, G.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis of the characteristics of feline major histocompatibility complex class I molecules cross-presenting coronavirus peptides
著者: Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Wu, G.Z.
履歴
登録2022年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide from Nucleoprotein
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: peptide from Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2476
ポリマ－89,2476
非ポリマー00
水1,47782
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide from Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6243
ポリマ－44,6243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: peptide from Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6243
ポリマ－44,6243
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.221, 132.221, 130.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31878.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: FLA-I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95482
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11618.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MGS7
#3: タンパク質・ペプチド peptide from Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1127.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Feline coronavirus (ネココロナウイルス)
参照: UniProt: P25909
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium, 2% VL Polyethylene glycol 400, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35453 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 45.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.909
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.669 / Num. unique obs: 35453

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XMF

5xmf


解像度: 2.6→38.04 Å / SU ML: 0.3884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.0358
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 1741 4.97 %
Rwork0.2191 33314 -
obs0.2219 35055 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 0 82 6357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00856444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03348755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01011155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.252857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.41721600.36662523X-RAY DIFFRACTION90.37
2.68-2.770.32931470.29712778X-RAY DIFFRACTION98.85
2.77-2.860.28631280.23322826X-RAY DIFFRACTION99.19
2.86-2.980.32861510.22632803X-RAY DIFFRACTION99.66
2.98-3.110.29891560.24362805X-RAY DIFFRACTION99.6
3.11-3.280.36651580.28742807X-RAY DIFFRACTION99.5
3.28-3.480.35861560.29992644X-RAY DIFFRACTION93.4
3.48-3.750.29751390.27232583X-RAY DIFFRACTION90.73
3.75-4.130.26041410.21982603X-RAY DIFFRACTION90.62
4.13-4.730.19711210.14822909X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.950.19931410.15612935X-RAY DIFFRACTION99.9
5.95-38.040.20971430.16823098X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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