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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xqs | ||||||
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タイトル | The structure of FLA-K*00701/KP-CoV-9 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Complex / Peptide prensentation / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. ...Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Wu, G.Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Analysis of the characteristics of feline major histocompatibility complex class I molecules cross-presenting coronavirus peptides 著者: Qiao, P.W. / Yue, C. / Peng, W.Y. / Liu, K.F. / Huo, S.T. / Zhang, D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Sun, Z.Y. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Wu, G.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xqtC ![]() 7xquC ![]() 5xmfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31467.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13714.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1140.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTC2 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Sodium chloride, 0.1M HEPES PH 7, 25% (W/V) SOKALAN PA 25 CL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→61.17 Å / Num. obs: 13627 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 79.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.857 / Num. unique obs: 13627 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XMF 解像度: 2.69→27.89 Å / SU ML: 0.3939 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.0884 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→27.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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