+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xql | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | complex structure of LegA15 with GNP | ||||||
要素 | Ankyrin repeat-containing protein | ||||||
キーワード | TOXIN / Legionella penumophila effector / GTPase | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ankyrin repeat-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.272 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, T.T. / Lin, Y.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Atypical Legionella GTPase effector hijacks host vesicular transport factor p115 to regulate host lipid droplet. 著者: Chen, T.T. / Lin, Y. / Zhang, S. / Liu, S. / Song, L. / Zhong, W. / Luo, Z.Q. / Han, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xql.cif.gz | 186.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7xql.ent.gz | 145.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xql_validation.pdf.gz | 934.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7xql_full_validation.pdf.gz | 944 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xql_validation.xml.gz | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xql_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/7xql | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ew8SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51952.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: legA15, lpg2456 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSR1 #2: 化合物 | ChemComp-GNP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, sodium citrate pH 5.6, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.272→34.602 Å / Num. obs: 46821 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02335 / Rpim(I) all: 0.02335 / Rrim(I) all: 0.03302 / Net I/σ(I): 18.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.272→2.353 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.09617 / Mean I/σ(I) obs: 6.86 / Num. unique obs: 4427 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.09617 / Rrim(I) all: 0.136 / % possible all: 95.08 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EW8 解像度: 2.272→34.602 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.47 Å2 / Biso mean: 42.6778 Å2 / Biso min: 21.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.272→34.602 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|