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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xpc | ||||||
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タイトル | Complex structure of D-glycerate-3-kinase(GLYK) and AVRvnt1 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / D-glycerate-3-kinase and AVRvnt1 complex / plant immunity / HR response / protein binding / decoy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic cell cycle phase transition / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / host cell cytoplasm / cell division / extracellular region / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) Phytophthora infestans T30-4 (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.31 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. / Xing, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Chloroplast Protein GLYK Hijacked by Phytophthora Infestans Effector AVRvnt1 in Cytoplasm to Activate NLR 著者: Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. / Xing, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xpc.cif.gz | 348 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xpc.ent.gz | 292 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xpc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xpc_validation.pdf.gz | 467.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xpc_full_validation.pdf.gz | 493 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xpc_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xpc_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xp9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38783.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q7FWS2 #2: タンパク質 | 分子量: 9581.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phytophthora infestans T30-4 (真核生物) 株: T30-4 / 遺伝子: Avr-vnt1, PITG_16294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0NTY1 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 10% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Tris pH 8.0, 100 mM Taurine and 10% w/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.31→42.97 Å / Num. obs: 35167 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.343 % / Biso Wilson estimate: 134.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.873 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 363729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.31→42.97 Å / SU ML: 0.76 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 354.38 Å2 / Biso mean: 185.241 Å2 / Biso min: 84.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.31→42.97 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.101 Å / Origin y: -37.455 Å / Origin z: -10.9321 Å
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精密化 TLSグループ |
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