+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xpc | ||||||
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Title | Complex structure of D-glycerate-3-kinase(GLYK) and AVRvnt1 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / D-glycerate-3-kinase and AVRvnt1 complex / plant immunity / HR response / protein binding / decoy | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitotic cell cycle phase transition / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / host cell cytoplasm / cell division / extracellular region / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Solanum lycopersicum (tomato) Phytophthora infestans T30-4 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.31 Å | ||||||
Authors | Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. / Xing, W. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Chloroplast Protein GLYK Hijacked by Phytophthora Infestans Effector AVRvnt1 in Cytoplasm to Activate NLR Authors: Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. / Xing, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xpc.cif.gz | 348 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xpc.ent.gz | 292 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xpc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7xpc_validation.pdf.gz | 467.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7xpc_full_validation.pdf.gz | 493 KB | Display | |
Data in XML | 7xpc_validation.xml.gz | 31.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7xpc_validation.cif.gz | 41.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xpc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7xp9C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38783.812 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Solanum lycopersicum (tomato) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A3Q7FWS2 #2: Protein | Mass: 9581.048 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Phytophthora infestans T30-4 (eukaryote) Strain: T30-4 / Gene: Avr-vnt1, PITG_16294 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: D0NTY1 Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.6 Details: 10% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Tris pH 8.0, 100 mM Taurine and 10% w/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.31→42.97 Å / Num. obs: 35167 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.343 % / Biso Wilson estimate: 134.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.873 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 363729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.31→42.97 Å / SU ML: 0.76 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 43.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 354.38 Å2 / Biso mean: 185.241 Å2 / Biso min: 84.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.31→42.97 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 22.101 Å / Origin y: -37.455 Å / Origin z: -10.9321 Å
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Refinement TLS group |
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