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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xp9 | ||||||
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Title | Phytophthora infesfans RxLR effector AVRvnt1 | ||||||
![]() | RxLR effector protein Avr-vnt11 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / RxLR effector / triggered plant immunity response | ||||||
Function / homology | host cell nucleolus / host cell cytoplasm / extracellular region / RxLR effector protein Avr-vnt11![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xing, W. / Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Chloroplast Protein GLYK Hijacked by Phytophthora Infestans Effector AVRvnt1 in Cytoplasm to Activate NLR Authors: Xing, W. / Hu, Q. / Zhou, J. / Yao, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 29.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 17.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 415.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 415.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xpcC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 9581.048 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: T30-4 / Gene: Avr-vnt1, PITG_16294 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 0.2 M Li2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→50 Å / Num. obs: 14032 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 40.2 % / Biso Wilson estimate: 27.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 2.945 / Net I/σ(I): 23.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.81 Å2 / Biso mean: 27.2077 Å2 / Biso min: 15.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→36.47 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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