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- PDB-7xp3: DNA complex form of ORESARA1(ANAC092) NAC Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xp3
タイトルDNA complex form of ORESARA1(ANAC092) NAC Domain
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*C)-3')
  • NAC domain-containing protein 92
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / plant protein / TRANSCRIPTION regulator / DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


floral organ senescence / positive regulation of age-related resistance / positive regulation of leaf senescence / response to ethylene / lateral root development / regulation of seed germination / leaf senescence / response to auxin / response to abscisic acid / response to salt ...floral organ senescence / positive regulation of age-related resistance / positive regulation of leaf senescence / response to ethylene / lateral root development / regulation of seed germination / leaf senescence / response to auxin / response to abscisic acid / response to salt / positive regulation of programmed cell death / stress-induced premature senescence / response to salt stress / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to hydrogen peroxide / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
NAC domain / NAC domain superfamily / No apical meristem (NAM) protein / NAC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / NAC domain-containing protein 92
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chun, I.S. / Kim, M.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用
ジャーナル: Plant Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of DNA binding by the NAC transcription factor ORE1, a master regulator of plant senescence.
著者: Chun, I. / Kim, H.J. / Hong, S. / Kim, Y.G. / Kim, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: The crystal structure of ORE1(ANAC092) NAC domain in complex with DNA
著者: Chun, I.S.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAC domain-containing protein 92
B: NAC domain-containing protein 92
C: NAC domain-containing protein 92
E: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5977
ポリマ－76,5977
非ポリマー00
水00
1
A: NAC domain-containing protein 92
B: NAC domain-containing protein 92
E: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1054
ポリマ－51,1054
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: NAC domain-containing protein 92
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4923
ポリマ－25,4923
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.592, 92.592, 216.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-12-

DG

21G-12-

DG

-
要素

#1: タンパク質 NAC domain-containing protein 92 / ANAC092 / AtNAC2 / AtNAC6 / Protein ORESARA 1


分子量: 18800.699 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NAC92, NAC2, NAC6, ORE1, At5g39610, MIJ24.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FKA0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 6745.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 6758.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: DNA molecule (その他)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3693.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: half of occupancy nucleotide / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: DNA molecule (その他)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 2997.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: DNA molecule (その他)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium sulfate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→46.3 Å / Num. obs: 16649 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 17 % / CC1/2: 0.947 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3.245→3.361 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 1663 / CC1/2: 0.928

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX1.17.1_3660位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XLJ

7xlj


解像度: 3.25→46.3 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 832 5.04 %
Rwork0.2131 --
obs0.215 16504 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3491 1463 0 0 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0265236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5417391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9962016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.450.34581370.29022564X-RAY DIFFRACTION98
3.45-3.720.34661360.29512627X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.090.28651370.25292602X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.690.24471390.21222615X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.27111400.22012622X-RAY DIFFRACTION100
5.9-46.30.21511430.18032642X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4403-0.2749-0.31460.1641-0.07280.3203-1.27-0.7102-1.55630.65140.21661.54131.35240.8354-01.0735-0.03880.06581.6317-0.02111.3779-34.2498-27.194242.9854
23.05790.3394-1.89190.59080.97183.4309-0.02980.043-0.0682-0.3121-0.47450.42-0.6663-0.696300.76980.0188-0.10921.3744-0.21640.9333-31.3024-24.506825.7999
32.0108-3.0886-0.34115.80131.19510.4477-2.3696-1.63090.61072.57960.97174.34790.0094-4.5598-0.37231.5619-0.0952-0.14222.498-0.28931.8684-38.1078-17.790134.5553
41.05930.3230.21612.2643-0.94530.22810.1593-0.05330.5097-0.16540.20021.3337-0.8545-1.1307-00.97170.066-0.00881.3625-0.09690.9257-26.2066-13.368119.2743
50.19681.05970.04412.95890.2460.71111.0196-0.542-1.3482-1.8723-1.0463-1.32760.11251.1128-0.03390.8524-0.068-0.08731.3405-0.0670.8936-13.2924-23.604331.0713
61.68360.29561.31912.7878-0.68421.43180.20120.7066-0.1988-0.5815-0.2778-0.3519-0.8905-0.355600.9597-0.03430.00581.2327-0.13740.6608-23.0026-17.476925.2
70.4753-0.70850.67011.98090.30280.9801-1.2383-0.1971-0.83020.43771.14770.74190.8826-0.411301.1979-0.042-0.15411.97020.07261.0762-33.9175-24.63351.6716
81.97735.09592.01552.7592.15843.31881.9952-3.2362-5.47710.3922.38021.36590.966-3.13132.98681.51080.27650.82152.21560.37531.9994-35.0558-30.642662.8193
91.2862-0.24390.33320.1336-0.66832.589-1.5791-1.0393-1.939-1.65432.3804-3.72412.5642-0.22630.12411.9416-0.111-0.24711.173-0.20592.1104-17.2771-33.316862.8898
101.2754-1.6487-0.28341.82780.34110.02120.42530.4684-1.3467-0.5531-0.70470.6271-0.1775-0.9822-01.2688-0.0297-0.15041.4987-0.55692.0119-24.3496-30.339655.824
110.33740.7269-0.46741.57830.09660.77420.3507-0.52440.1168-0.03210.0482-0.6166-0.5865-0.3781-01.3220.0384-0.06191.57320.10321.3517-15.457-22.003370.91
120.14690.4582-0.63611.4554-2.22663.92542.1645-1.41780.9876-2.57680.72970.2231-2.6595-1.47360.68811.9699-0.3373-0.17361.5077-0.3641.7037-27.8708-9.666256.7091
132.32041.61732.14223.46640.68181.3553-0.2917-0.0347-0.69620.47820.13570.42790.21110.0551-00.99430.0370.0671.1797-0.13911.3144-17.4131-19.877560.532
140.19990.32770.04551.6623-0.65680.5345-0.7202-0.88691.8637-1.64462.79920.3011-0.8080.83470.01252.26540.6050.89921.8457-0.04441.7959-35.3987-18.307373.767
150.9411.14220.14861.3282-0.01540.47062.0409-0.07960.99460.75450.4583-0.9165-0.1077-0.44910.00231.06230.0907-0.00191.7379-0.20421.2299-23.0848-24.77958.1262
163.0689-2.38482.89823.85860.0853.02840.50660.4945-0.617-1.80910.212-1.22121.16050.3915-02.0333-0.2870.3041.3345-0.2461.1362-35.05527.520768.5827
170.7989-0.94610.08891.16630.05280.0502-1.09490.81410.0698-0.08440.90832.7842-2.1122-1.354-0.06731.8-0.2152-0.64231.44430.06071.0704-44.803518.038972.9288
180.2913-0.24520.50540.1242-0.26940.5817-1.95622.43981.3089-1.92181.18471.3433-0.6532-0.189201.8528-0.4151-0.22111.4383-0.38841.8854-31.591115.29374.7051
191.97611.05610.47730.6434-0.42411.7542-0.0877-0.25680.62320.4230.28890.05560.1188-0.827701.1422-0.1839-0.15660.69950.01561.2539-28.883320.232285.0843
203.15171.02720.86510.50970.82881.58740.4321-3.006-1.1561-1.43251.8534-1.91093.32913.23940.2032.34880.4376-0.11521.4623-0.44411.659-28.1257-0.574882.638
213.481.43231.60430.48580.65183.4271.0181.45241.83740.2353-1.7697-1.86040.8962-1.1426-0.31291.2848-0.2588-0.17120.536-0.10351.4962-37.052417.477688.1689
221.4092-0.55451.59611.4341-1.49872.1540.2198-0.7190.5333-0.52970.8659-0.2161.0551-0.60530.00011.2131-0.36740.04320.7395-0.16391.4295-34.409910.390678.1916
230.49510.54470.7030.19460.61060.71290.25281.07720.59390.18860.12160.1405-1.58871.0101.8368-0.1672-0.00071.59740.05151.1512-14.2884-4.751922.3053
240.79590.29441.2402-0.02250.45310.8929-0.54090.11940.01240.64880.8244-0.0157-2.22550.3352-01.7192-0.1557-0.04911.6112-0.10961.1576-10.4349-9.747758.1721
250.64660.03630.023-0.0546-0.0276-0.0364-0.81321.0851-1.5381-0.74711.1886-0.2386-1.61891.75901.8018-0.1103-0.15841.6309-0.06051.2501-8.3493-17.952473.3816
260.3284-0.8698-0.48181.14350.78561.270.36290.46360.00070.6520.946-0.2537-0.05960.7675-01.7545-0.2062-0.34631.8002-0.14341.5203-11.0753-8.853149.5944
270.8662-0.53250.20870.1969-0.02390.08890.72111.56770.3664-0.71820.008-0.7733-0.8915-0.87502.1221-0.333-0.02731.5667-0.14571.4128-12.824-2.372622.1974
280.9664-0.76570.38160.4045-0.2478-0.2640.4037-1.11880.20010.5435-1.14430.2430.9581-0.556-0.00232.0406-0.5452-0.00221.2035-0.09011.7787-33.771212.887896.2455
290.41390.41560.6996-0.0770.09730.46021.6417-2.1013-1.45931.6348-1.6773-1.81711.1302-1.0254-0.02011.9293-0.6975-0.2761.33420.14882.1069-33.914710.241195.0733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 115 through 170 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 43 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 44 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 65 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 82 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 103 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 104 through 115 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 116 through 148 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 149 through 160 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 161 through 170 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 19 through 61 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 62 through 75 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 76 through 85 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 87 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 105 through 118 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 119 through 137 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 138 through 170 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 11 through 22 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 23 through 27 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 28 through 37 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 38 through 44 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 1 through 12 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 35 through 44 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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