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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xp0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PmiR from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Probable transcriptional regulator | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PmiR / 2-methylcitrate cycle / bacterial virulence | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y.X. / Liang, H.H. / Gan, J.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: PmiR senses 2-methylisocitrate levels to regulate bacterial virulence in Pseudomonas aeruginosa. 著者: Cui, G. / Zhang, Y. / Xu, X. / Liu, Y. / Li, Z. / Wu, M. / Liu, J. / Gan, J. / Liang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xp0.cif.gz | 96.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xp0.ent.gz | 72.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xp0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xp0_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xp0_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xp0_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xp0_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/7xp0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xp1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25027.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA0797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5E1 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: block |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES/Sodium hydroxide, Magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 8283 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 35.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 71992 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: model generated by Alphafold2 解像度: 2.61→29.38 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.47 Å2 / Biso mean: 49.669 Å2 / Biso min: 13.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.61→29.38 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -32.8019 Å / Origin y: -26.1226 Å / Origin z: -23.2835 Å
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精密化 TLSグループ |
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