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- PDB-7xoi: Aspergillus sojae alpha-glucosidase AsojAgdL in complex with trehalose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xoi
タイトルAspergillus sojae alpha-glucosidase AsojAgdL in complex with trehalose
要素(alpha-glucosidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / GH31 / alpha-glucosidase / transglucosylation
機能・相同性alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Aspergillus sojae NBRC 4239 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tonozuka, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05956 日本
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for proteolytic processing of Aspergillus sojae alpha-glucosidase L with strong transglucosylation activity.
著者: Ding, Y. / Oyagi, A. / Miyasaka, Y. / Kozono, T. / Sasaki, N. / Kojima, Y. / Yoshida, M. / Matsumoto, Y. / Yasutake, N. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2022年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
B: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
C: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
D: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
E: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
F: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
G: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
H: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
I: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
J: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
K: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
L: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
M: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
N: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
O: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
P: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)916,608121
ポリマ－888,80916
非ポリマー27,798105
水35,5801975
1
A: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
B: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54815
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,44713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20100 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
2
C: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
D: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54815
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,44713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30890 Å2
手法PISA
3
E: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
F: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54815
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,44713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
4
G: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
H: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,77016
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,66814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area30740 Å2
手法PISA
5
I: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
J: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,77016
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,66814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20500 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
6
K: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
L: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,32714
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,22612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19870 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
7
M: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
N: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54815
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,44713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
8
O: alpha-glucosidase N-terminal polypeptide
P: alpha-glucosidase C-terminal polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54815
ポリマ－111,1012
非ポリマー3,44713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.325, 106.036, 206.366
Angle α, β, γ (deg.)90.58, 90.06, 92.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Alpha-glucosidase ... , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質
alpha-glucosidase N-terminal polypeptide


分子量: 61667.570 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sojae NBRC 4239 (カビ) / 株: NBRC 4239 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: alpha-glucosidase
#2: タンパク質
alpha-glucosidase C-terminal polypeptide


分子量: 49433.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sojae NBRC 4239 (カビ) / 株: NBRC 4239 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: alpha-glucosidase

-
糖 , 5種, 97分子

#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 1983分子

#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1975 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細1. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...1. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT DDBJ WITH ACCESSION CODE DDBJ DM849390. 2. Residues -52 to 19 APVNTTTEDETAQIPAEAVIGYSDLEGDFDVAVLPFSNSTNNGLLFINTTIASIAAKEEGVSLEKREAEAEF is derived from the expression vector. Residues 20 to 30 QSKDGVEDLDG is derived from AsojAgdL. Residues 496 to 515 QGNATEKRSTAAVVKRQRSQ is proteolytically digested during the maturation. Residues 952 to 960 AVDHHHHHH is derived from the expression vector.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 13% polyethylene glycol 8000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.14 Å / Num. obs: 349142 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 17217 / Rpim(I) all: 0.374 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W38

3w38


解像度: 2.3→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26685 16975 4.9 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.22912 332166 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20.01 Å2
2--0.02 Å20.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57152 0 1806 1978 60936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01360831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01553178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.69583286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.581.615122961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.01357192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1823.183296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.028158520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.19815280
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.28036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0269546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0214353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1293.51628816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1293.51628815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8755.2735992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8755.2735993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0813.6432015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0813.6432016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8485.4347295
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.28840.60667190
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.26340.666934
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 1246 -
Rwork0.332 24396 -
obs--96.64 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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