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- PDB-7xof: Crystal structure of Oryza sativa plastid glycyl-tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xof
タイトルCrystal structure of Oryza sativa plastid glycyl-tRNA synthetase
要素Glycine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Glycine-tRNA ligase / GlyRS / GlyRS2
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / embryo development ending in seed dormancy / regulation of embryonic development / chloroplast / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glycine-tRNA ligase, beta subunit / Glycyl-tRNA synthetase beta subunit / Glycine-tRNA ligase, alpha subunit / Glycine-tRNA synthetase, heterodimeric / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Heterodimeric glycyl-transfer RNA synthetases family profile. / DALR anticodon binding / DALR anticodon binding domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Yu, Z. / Lu, G. / Li, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130063 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770784 中国
Not funded2017YFA0504602
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Oryza sativa plastid glycyl-tRNA synthetase
著者: Hao, Q. / Yu, Z. / Lu, G. / Lin, J.
履歴
登録2022年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase
B: Glycine--tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,1012
ポリマ-234,1012
非ポリマー00
3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area74070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.130, 130.940, 123.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycine--tRNA ligase


分子量: 117050.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Os06g0103600, OsJ_19814, OSNPB_060103600 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0DFB6, glycine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→65.47 Å / Num. obs: 68702 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 47.04 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 168193 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.56-2.630.4671268151620.7860.3590.5922.194.8
11.45-65.470.02718587560.9980.020.03427.288.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F5W
解像度: 2.56→65.47 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 3383 4.93 %
Rwork0.21 65257 -
obs0.2119 68640 92.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.67 Å2 / Biso mean: 53.877 Å2 / Biso min: 23.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→65.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14584 0 0 218 14802
Biso mean---50.18 -
残基数----1851
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.56-2.60.34331610.33652727288895
2.6-2.640.37191490.32292821297095
2.64-2.680.34781390.30462764290395
2.68-2.720.3541330.2962756288994
2.72-2.770.31221350.28562748288394
2.77-2.820.36271340.26812756289094
2.82-2.870.3111740.26932708288293
2.87-2.930.29561260.26772723284992
2.93-2.990.31581590.26622740289994
2.99-3.060.34181480.24762728287694
3.06-3.140.31321590.25552747290694
3.14-3.230.25321390.23592735287493
3.23-3.320.26041520.22752703285593
3.32-3.430.25011410.21012710285192
3.43-3.550.25471250.21162729285492
3.55-3.690.25011290.2042696282591
3.69-3.860.25321390.1892731287092
3.86-4.060.22491250.18542714283992
4.06-4.320.20261470.17592686283391
4.32-4.650.22421250.16982710283591
4.65-5.120.21611130.16952665277890
5.12-5.860.22811530.19332672282591
5.86-7.380.22481510.20542636278789
7.38-65.470.16621270.1612652277988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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