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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xnt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PfHPPD-Y13161 complex | ||||||
要素 | 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aromatic amino acid metabolic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.822 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, H.-Y. / Yang, G.-F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Adv Agrochem / 年: 2022 タイトル: Structural insights of 4-Hydrophenylpyruvate dioxygenase inhibition by structurally diverse small molecules 著者: Dong, J. / Dong, J. / Yu, X.H. / Yan, Y.C. / Nan, J.X. / He, B. / Ye, B.Q. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xnt.cif.gz | 276.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xnt.ent.gz | 220.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xnt_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xnt_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xnt_validation.xml.gz | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xnt_validation.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cqrC 7cqsC 7x5rC 7x5sC 7x5uC 7x5wC 7x5xC 7x6mC 7x6nC 7x7lC 7x8dC 7x8eSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40094.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: ALQ17_04098, AO066_02200 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0W0HIR1 #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 化合物 | ChemComp-94L / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 20% w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.06 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 130085 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.47 % / CC1/2: 0.9795 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.356 / Num. unique obs: 9505 / CC1/2: 0.277 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7X8E 解像度: 1.822→34.897 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.822→34.897 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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