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万見
- PDB-7xno: Cryo-EM structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xno
タイトルCryo-EM structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei
要素
  • Bacteriocin sakacin-A
  • Mannose permease IIC component
  • Mannose permease IID component
  • Sakacin-A immunity factor
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antimicrobial peptides / bacteriocins / pediocin-like/class IIa bacteriocins / antibiotic resistance / mannose phosphotransferase / man-PTS / immunity / self-protection / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / cytolysis / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin-type signal sequence / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site ...Bacteriocin-type signal sequence / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Mannose permease IID component / Mannose permease IIC component / Bacteriocin sakacin-A / Sakacin-A immunity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Wang, J.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501103 中国
引用ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of the Immunity Mechanisms of Pediocin-like Bacteriocins.
著者: Liyan Zhu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang /
要旨: Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic ...Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic membrane of Gram-positive cells by dissipating the transmembrane electrical potential through pore formation with the mannose phosphotransferase system (man-PTS) as the target/receptor. Bacteriocin-producing strains also synthesize a cognate immunity protein that protects them against their own bacteriocins. Herein, we report the cryo-electron microscopy structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei. The complex structure reveals that pediocin-like bacteriocins bind to the same position on the Core domain of man-PTS, while the C-terminal helical tails of bacteriocins delimit the opening range of the Core domain away from the Vmotif domain to facilitate transmembrane pore formation. Upon attack of bacteriocins from the extracellular side, man-PTS exposes its cytosolic side for recognition of the N-terminal four-helix bundle of the immunity protein. The C-terminal loop of the immunity protein then inserts into the pore and blocks leakage induced by bacteriocins. Elucidation of the toxicity and immunity mechanisms of pediocin-like bacteriocins could support the design of novel bacteriocins against antibiotic-resistant pathogenic bacteria. Pediocin-like bacteriocins, ribosomally synthesized antimicrobial peptides, are generally co-expressed with cognate immunity proteins to protect the bacteriocin-producing strain from its own bacteriocin. Bacteriocins are considered potential alternatives to conventional antibiotics in the context of the bacterial resistance crisis, but the immunity mechanism is unclear. This study uncovered the mechanisms of action and immunity of class IIa bacteriocins.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin sakacin-A
Y: Mannose permease IIC component
Z: Mannose permease IID component
B: Sakacin-A immunity factor
C: Bacteriocin sakacin-A
D: Mannose permease IIC component
E: Mannose permease IID component
F: Sakacin-A immunity factor
G: Bacteriocin sakacin-A
H: Mannose permease IIC component
I: Mannose permease IID component
J: Sakacin-A immunity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,12215
ポリマ－236,58212
非ポリマー5403
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bacteriocin sakacin-A


分子量: 4312.893 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
遺伝子: sapA, sakA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A310
#2: タンパク質 Mannose permease IIC component / Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC / PTS mannose/fructose/sorbose ...Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC / PTS mannose/fructose/sorbose transporter subunit IIC / Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IIC component


分子量: 27467.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
遺伝子: manY, levF, CW750_06585, GJ664_06230, LAS9624_02106, LSAJ64_0482
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094YUG1
#3: タンパク質 Mannose permease IID component / PTS mannose family transporter subunit IID / Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific ...PTS mannose family transporter subunit IID / Phosphotransferase system (PTS) fructose-specific enzyme IID component


分子量: 33332.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
遺伝子: levG, manZ, CW750_06590, GJ664_06235, LAS9624_02107, LSAJ64_0483
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094XZA1
#4: タンパク質 Sakacin-A immunity factor


分子量: 13747.889 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
遺伝子: saiA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48864
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Latilactobacillus sakei L45 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265674 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216209
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49821993
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3662217
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392622
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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