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- PDB-7xnf: Structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with GX/P2V/2017 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xnf
タイトルStructure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with GX/P2V/2017 RBD
要素
  • P2C-1F11 Heavy Chain
  • P2C-1F11 Lambda chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / GX/P2V/2017 / RBD / antibody / P2C1-F11 / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Jia, Y.F. / Chai, Y. / Wang, Q.H. / Gao, G.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Cross-reaction of current available SARS-CoV-2 MAbs against the pangolin-origin coronavirus GX/P2V/2017.
著者: Jia, Y. / Niu, S. / Hu, Y. / Chai, Y. / Zheng, A. / Su, C. / Wu, L. / Han, P. / Han, P. / Lu, D. / Liu, Z. / Yan, X. / Tian, D. / Chen, Z. / Qi, J. / Tian, W.X. / Wang, Q. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: P2C-1F11 Heavy Chain
L: P2C-1F11 Lambda chain
A: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5833
ポリマ－71,5833
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.722, 85.440, 183.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 P2C-1F11 Heavy Chain


分子量: 23983.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 P2C-1F11 Lambda chain


分子量: 23361.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 24237.365 Da / 分子数: 1 / Fragment: BetaCoV S1-CTD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6G6A2Q2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES monohydrate (pH 6.0), 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 22549 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 11.905
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.925 / Num. unique obs: 2186

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CDI

7cdi


解像度: 2.79→41.61 Å / SU ML: 0.6908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.7352
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3795 1062 4.96 %
Rwork0.3196 20370 -
obs0.3225 21432 95.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→41.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4446 0 0 19 4465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00234546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5016173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3591626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.920.52521110.44151795X-RAY DIFFRACTION68.93
2.92-3.070.40571300.38012465X-RAY DIFFRACTION94.36
3.07-3.270.42581430.3642614X-RAY DIFFRACTION99.32
3.27-3.520.50021180.39532651X-RAY DIFFRACTION99.35
3.52-3.870.39251470.37532609X-RAY DIFFRACTION99.39
3.87-4.430.37551440.3072675X-RAY DIFFRACTION99.61
4.43-5.580.30011350.2392719X-RAY DIFFRACTION99.72
5.58-41.610.31281340.26722842X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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