PDB-7xnd: Crystal structure of Phosphomevalonate kinase from Silkworm

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xnd

タイトル

Crystal structure of Phosphomevalonate kinase from Silkworm

要素

Phosphomevalonate kinase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / kinase / hormone synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphomevalonate kinase activity / phosphomevalonate kinase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / cholesterol biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Zhang, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the substrate binding of phosphomevalonate kinase from the silkworm, Bombyx mori.
著者: Zhang, H. / Liu, J. / Wang, H. / Fang, H. / Zhao, P. / Xia, Q. / Guo, P.

履歴

登録	2022年4月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xnd.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xnd.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xnd_validation.pdf.gz	799.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xnd_full_validation.pdf.gz	800.2 KB	表示
XML形式データ	7xnd_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7xnd_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ch4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Phosphomevalonate kinase

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.070, 54.070, 123.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phosphomevalonate kinase 分子量: 24270.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: MPK_Bm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5A7A1, phosphomevalonate kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.8 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32.48 Å / Num. obs: 24974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 15.6 % / R_merge(I) obs: 1.236 / Num. unique obs: 1817 / R_pim(I) all: 0.32 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CH4

3ch4

解像度: 1.6→32.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	1264	5.076 %
R_work	0.2097	23638	-
all	0.212	-	-
obs	-	24902	99.872 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1389	0	6	64	1459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.018	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.642	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.259	1.602	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.627	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.964	21.765	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.837	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.851	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.298	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.965	3.067	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.964	3.065	673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.836	4.576	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.834	4.579	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.798	3.676	744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.795	3.676	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.221	5.295	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.218	5.295	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.239	36.145	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.241	36.113	1588

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.299	98	0.281	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.8898
1.642-1.687	0.267	94	0.271	1649	X-RAY DIFFRACTION	99.9427
1.687-1.735	0.285	89	0.267	1601	X-RAY DIFFRACTION	99.8818
1.735-1.789	0.311	96	0.262	1568	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.789-1.847	0.296	75	0.234	1537	X-RAY DIFFRACTION	99.938
1.847-1.912	0.255	80	0.226	1488	X-RAY DIFFRACTION	99.6821
1.912-1.984	0.228	68	0.21	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.065	0.247	91	0.204	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.157	0.258	79	0.207	1330	X-RAY DIFFRACTION	99.7875
2.157-2.262	0.209	53	0.207	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.384	0.249	58	0.204	1220	X-RAY DIFFRACTION	99.9218
2.384-2.528	0.176	59	0.202	1162	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
2.528-2.702	0.266	64	0.208	1096	X-RAY DIFFRACTION	99.9139
2.702-2.918	0.267	46	0.205	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.918-3.195	0.249	53	0.213	965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.195-3.571	0.226	34	0.192	874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.571-4.119	0.202	47	0.199	767	X-RAY DIFFRACTION	100
4.119-5.036	0.238	34	0.178	673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.036-7.086	0.281	26	0.238	540	X-RAY DIFFRACTION	100
7.086-32.48	0.362	20	0.233	326	X-RAY DIFFRACTION	96.3788

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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