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- PDB-7xn2: Crystal structure of CvkR, a novel MerR-type transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xn2
タイトルCrystal structure of CvkR, a novel MerR-type transcriptional regulator
要素Alr3614 protein
キーワードTRANSCRIPTION / MerR-type transcriptional regulator
機能・相同性MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alr3614 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liang, Y.J. / Zhu, T. / Ma, H.L. / Lu, X.F. / Hess, W.R.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0909700 中国
National Science Foundation (NSF, China)M-0214 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31525002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570068 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31761133008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: CvkR is a MerR-type transcriptional repressor of class 2 type V-K CRISPR-associated transposase systems.
著者: Ziemann, M. / Reimann, V. / Liang, Y. / Shi, Y. / Ma, H. / Xie, Y. / Li, H. / Zhu, T. / Lu, X. / Hess, W.R.
履歴
登録2022年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr3614 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3623
ポリマ－17,7481
非ポリマー6132
水1,65792
1
A: Alr3614 protein
ヘテロ分子

A: Alr3614 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7236
ポリマ－35,4972
非ポリマー1,2274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.579, 49.703, 40.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alr3614 protein / CvkR


分子量: 17748.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr3614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YR38
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M phosphate citrate, 15% PEG300, 10 mM ATP / PH範囲: 4.4-4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 18581 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.464 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 89996
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6650.44118300.8770.2110.4910.752100
1.66-1.724.90.36418520.9020.1760.4060.845100
1.72-1.84.80.28318410.9330.1380.3161.299.9
1.8-1.94.50.2218450.9520.1120.2481.4699.7
1.9-2.024.90.19218660.9640.0930.2142.16799.9
2.02-2.174.90.15218270.970.0740.172.4699.8
2.17-2.394.70.10818680.9880.0540.1212.21799.8
2.39-2.7450.07818750.9920.0380.0871.553100
2.74-3.454.80.0518580.9970.0250.0561.126100
3.45-504.90.03719190.9970.0180.0410.89699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→24.24 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 964 5.19 %
Rwork0.1941 17606 -
obs0.1953 18570 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.77 Å2 / Biso mean: 45.7662 Å2 / Biso min: 16.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→24.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 38 92 1329
Biso mean--43.5 51.62 -
残基数----148
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.680.34431410.27552463260498
1.68-1.790.2711300.253625192649100
1.79-1.930.26251350.223624872622100
1.93-2.120.23261440.217325232667100
2.12-2.430.23281440.203324882632100
2.43-3.060.23021480.204525322680100
3.06-24.240.18481220.170625942716100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67121.71790.57351.0407-0.49752.6048-0.97481.4051-0.8784-0.73630.534-0.84560.3646-0.1372-0.28640.5039-0.38950.06090.9657-0.21890.1152-26.0735-12.07961.0812
22.8641-0.6675-2.11173.2622-0.64742.1412-0.46660.4064-1.1156-0.51280.0878-0.95661.07870.86440.16750.41220.01170.07240.4423-0.17570.5163-19.4698-18.341510.6365
30.6715-0.99671.38312.6387-0.42755.2155-0.06530.8966-0.9457-0.08310.3176-0.36790.61790.72830.12160.3318-0.02020.0120.3761-0.15230.4047-30.5841-19.765611.057
42.7068-0.30450.66314.29230.22422.5743-0.44391.0595-0.2977-0.10860.2298-0.04590.2343-0.22910.1960.3011-0.10530.03620.4001-0.06550.2162-25.094-11.38667.2492
56.1942-3.0182-0.88686.59450.42723.7446-0.28340.084-0.18250.37670.22720.15390.2886-0.29050.0990.2337-0.0257-0.02250.20050.0120.3281-20.7937-6.289820.0768
64.0972-1.662-3.12263.2056-1.11516.9406-0.17861.16080.7042-0.54190.05861.4322-0.4912-1.87630.57270.31060.0448-0.03740.52130.10150.6353-32.01822.746613.2844
76.2027-0.3541-0.74156.82670.65196.78790.02120.73650.0482-0.65460.05351.1397-0.3944-0.8851-0.13620.24040.0327-0.07570.34240.05710.3342-22.99627.886614.6021
87.10523.9227-3.41286.12080.31895.97790.6437-2.1703-1.69670.9863-0.06360.27320.7185-0.4917-0.14740.7076-0.00660.04260.83130.18830.6457-14.4107-3.536531.4007
96.9101-0.54782.42462.49690.11423.7674-0.0956-0.1750.42080.06990.16570.1208-0.31-0.0389-0.00480.23270.01410.01940.1650.02110.2393-14.01469.375320.8807
100.14960.01980.24463.04333.29144.3263-1.18391.86041.1457-1.96921.64790.6003-0.9625-0.17080.24830.7174-0.4387-0.13951.03760.23870.1714-25.37440.25590.3176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 18 )A3 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 28 )A19 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 38 )A29 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 39 through 63 )A39 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 64 through 80 )A64 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 90 )A81 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 91 through 101 )A91 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 102 through 108 )A102 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 133 )A109 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 134 through 150 )A134 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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