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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xmw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of anti-CRISPR protein AcrVIA2 | ||||||
![]() | AcrVIA2 | ||||||
![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / a bacteria antiviral protein | ||||||
機能・相同性 | SELENIUM ATOM / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | Leptotrichia wadei | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, X. / Li, X. / Song, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of AcrVIA2 and its binding mechanism to CRISPR-Cas13a. 著者: Song, G. / Li, X. / Wang, Z. / Dong, C. / Xie, X. / Yan, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 780.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 784.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8352.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: F0279 / 遺伝子: HMPREF9015_01064 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SE / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.17 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: TRIS hydrochloride, ammonium phosphate monobasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→41.13 Å / Num. obs: 9880 / % possible obs: 92.89 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 84.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 51.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.683 Å / Num. unique obs: 535 / CC1/2: 0.733 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 32.6340708388 Å / Origin y: 35.9876254129 Å / Origin z: 11.8229401988 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |