PDB-7xmw: Crystal structure of anti-CRISPR protein AcrVIA2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xmw

タイトル

Crystal structure of anti-CRISPR protein AcrVIA2

要素

AcrVIA2

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / a bacteria antiviral protein

機能・相同性

metal ion binding / SELENIUM ATOM / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Leptotrichia wadei

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Yan, X. / Li, X. / Song, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure of AcrVIA2 and its binding mechanism to CRISPR-Cas13a.
著者: Song, G. / Li, X. / Wang, Z. / Dong, C. / Xie, X. / Yan, X.

履歴

登録	2022年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xmw.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xmw.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xmw_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xmw_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
XML形式データ	7xmw_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	7xmw_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AcrVIA2

B: AcrVIA2

ヘテロ分子

17.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AcrVIA2

B: AcrVIA2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.377, 123.377, 123.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432
Space group name Hall	P423
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-z,y #3: x,z,-y #4: z,y,-x #5: -z,y,x #6: -y,x,z #7: y,-x,z #8: z,x,y #9: y,z,x #10: -y,-z,x #11: z,-x,-y #12: -y,z,-x #13: -z,-x,y #14: -z,x,-y #15: y,-z,-x #16: x,-y,-z #17: -x,y,-z #18: -x,-y,z #19: y,x,-z #20: -y,-x,-z #21: z,-y,x #22: -z,-y,-x #23: -x,z,y #24: -x,-z,-y

#1: タンパク質	AcrVIA2 分子量: 8352.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptotrichia wadei (strain F0279) (バクテリア) 株: F0279 / 遺伝子: HMPREF9015_01064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2Q5N5
#2: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SE / SELENIUM ATOM 分子量: 78.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.17 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: TRIS hydrochloride, ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→41.13 Å / Num. obs: 9880 / % possible obs: 92.89 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 84.03 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 51.14
反射シェル	解像度: 2.59→2.683 Å / Num. unique obs: 535 / CC_1/2: 0.733

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.59→41.13 Å / SU ML: 0.3927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.2511
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3067	444	4.51 %
R_work	0.2522	9411	-
obs	0.2543	9855	93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1102	0	51	0	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0774	1563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0497	156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.1356	190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.96	0.3432	127	0.3289	2672	X-RAY DIFFRACTION	81.53
2.96-3.73	0.3194	167	0.2916	3301	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.73-41.13	0.2964	150	0.2315	3438	X-RAY DIFFRACTION	97.1

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.6340708388 Å / Origin y: 35.9876254129 Å / Origin z: 11.8229401988 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.840432064398 Å²	0.185756411963 Å²	0.10834436684 Å²	-	0.711559680182 Å²	-0.0979562363387 Å²	-	-	0.895263055368 Å²
L	0.627781849846 °²	-0.0514807798229 °²	0.314612595341 °²	-	-0.802062106412 °²	-0.228744190033 °²	-	-	0.214908386439 °²
S	-0.0256016825218 Å °	0.040139473279 Å °	-0.0849607167623 Å °	-0.0561069212294 Å °	-0.0726463994477 Å °	0.0804124848896 Å °	-0.0478012178062 Å °	0.039928560947 Å °	0.127094371327 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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