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万見
- PDB-7xmp: High resolution structure of lectin-like Ox-LDL receptor 1 in spa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xmp
タイトルHigh resolution structure of lectin-like Ox-LDL receptor 1 in space group P 32 2 1
要素Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lectin-like OxLDL Receptor 1 / OLR1 / native / CLEC8A
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / immune system process / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / immune system process / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / inflammatory response / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Tomar, A. / Varughese, K.I. / Arockiasamy, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)09/512(0221)/2016 インド
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2017/00506 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of lectin like Ox-LDL receptor 1 in space group P 32 2 1
著者: Tomar, A. / Arockiasamy, A. / Varughese, K.I.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6691
ポリマ－15,6691
非ポリマー00
水2,198122
1
A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3382
ポリマ－31,3382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area1560 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.030, 50.030, 91.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 / Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / ...Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / LOX-1 / Lectin-like oxLDL receptor 1 / hLOX-1 / Lectin-type oxidized LDL receptor 1


分子量: 15668.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P78380
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.257→43.33 Å / Num. obs: 36626 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.257-1.2816.91.6413099518330.7020.4051.6921.896.6
3.523-43.32714.60.0712666218320.9970.0180.07432.299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS20210205データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YPU

1ypu


解像度: 1.27→43.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.513 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 1741 4.9 %RANDOM
Rwork0.1578 ---
obs0.1598 33554 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.15 Å2 / Biso mean: 19.071 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å2-0 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 0 122 1148
Biso mean---30.29 -
残基数----128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0181076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.019958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6741.8331465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1742.6862210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1465128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.93822.36455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.26215166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.464155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.76832034
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.274→1.307 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 101 -
Rwork0.282 2444 -
all-2545 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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