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- PDB-7xmn: Structure of SARS-CoV-2 ORF8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xmn
タイトルStructure of SARS-CoV-2 ORF8
要素
  • Maltodextrin-binding protein
  • ORF8 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / ORF8
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / carbohydrate transmembrane transporter activity / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / outer membrane-bounded periplasmic space / lysosome ...Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / carbohydrate transmembrane transporter activity / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / outer membrane-bounded periplasmic space / lysosome / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SARS-like ORF8 accessory protein, Ig-like domain / SARS ORF8 accessory protein immunoglobulin (Ig)-like domain profile. / Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / Maltodextrin-binding protein / ORF8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, X. / Xu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32041005,82130101 中国
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Glycosylated, Lipid-Binding, CDR-Like Domains of SARS-CoV-2 ORF8 Indicate Unique Sites of Immune Regulation.
著者: Wu, F. / Chen, X. / Ma, Y. / Wu, Y. / Li, R. / Huang, Y. / Zhang, R. / Zhou, Y. / Zhan, J. / Liu, S. / Xu, W.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein
B: ORF8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,88911
ポリマ－52,4732
非ポリマー1,4159
水1,54986
1
A: Maltodextrin-binding protein
B: ORF8 protein
ヘテロ分子

A: Maltodextrin-binding protein
B: ORF8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,77722
ポリマ－104,9474
非ポリマー2,83018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area38160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.088, 146.693, 74.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein


分子量: 40236.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: malE, GUB92_19955, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059
Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0A376KDN7
#2: タンパク質 ORF8 protein / ORF8 / Non-structural protein 8 / ns8


分子量: 12236.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P0DTC8

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 93分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NNH / NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / Nω-ヒドロキシノル-L-アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 176.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH6.1, 2%Polyethylene glycol 400, 2.1 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→101.31 Å / Num. obs: 33261 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.5 % / Num. unique obs: 3311 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SET

3set


解像度: 2.3→60.13 Å / SU ML: 0.2855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1667 5.01 %
Rwork0.2149 31582 -
obs0.2164 33249 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3652 0 86 86 3824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57015213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3399527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.30581560.28472636X-RAY DIFFRACTION99.08
2.37-2.440.26421150.27372703X-RAY DIFFRACTION98.84
2.44-2.530.32481410.26022680X-RAY DIFFRACTION98.71
2.53-2.630.33151410.27422661X-RAY DIFFRACTION98.59
2.63-2.750.28921420.25582674X-RAY DIFFRACTION98.36
2.75-2.90.32411100.24882587X-RAY DIFFRACTION94.2
2.9-3.080.25061180.24672709X-RAY DIFFRACTION98.67
3.08-3.320.27831660.25082668X-RAY DIFFRACTION98.68
3.32-3.650.24011600.20812628X-RAY DIFFRACTION97.11
3.65-4.180.23341350.18912342X-RAY DIFFRACTION84.92
4.18-5.260.15921450.15892680X-RAY DIFFRACTION96.61
5.27-60.130.23381380.18582614X-RAY DIFFRACTION90.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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