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万見
- PDB-7xml: Cryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xml
タイトルCryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex
要素
  • Enolase
  • Putative gene 60 protein
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Enolase inhibitor / Glycolysis / Bacteriophage / ANTIMICROBIAL PROTEIN / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative gene 60 protein / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus phage SP01 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Bacteriophage protein PEIP is a potent Bacillus subtilis enolase inhibitor.
著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve ...著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve Matthews / Kaiming Zhang / Bing Liu /
要旨: Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like ...Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like peptidoglycan synthesis and the phosphotransferase system in bacteria. Therefore, enolase inhibitors are of great interest. Here, we report that Gp60, a phage-encoded enolase inhibitor protein (PEIP) of bacteriophage SPO1 for Bacillus subtilis, is an enolase inhibitor. PEIP-expressing bacteria exhibit growth attenuation, thinner cell walls, and safranin color in Gram staining owing to impaired peptidoglycan synthesis. We solve the structure of PEIP-enolase tetramer and show that PEIP disassembles enolase by disrupting the basic dimer unit. The structure reveals that PEIP does not compete for substrate binding but induces a cascade of conformational changes that limit accessibility to the enolase catalytic site. This phage-inspired disassembly of enolase represents an alternative strategy for the development of anti-microbial drugs.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
C: Putative gene 60 protein
B: Enolase
D: Putative gene 60 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4186
ポリマ－110,3694
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 46626.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: eno, BSU33900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37869, phosphopyruvate hydratase
#2: タンパク質 Putative gene 60 protein / PEIP


分子量: 8558.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SP01 (ファージ) / 遺伝子: 60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48414
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PEIP-Bs_enolase complexCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Bs_enolaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3PEIPCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)224308
23Bacillus phage SP01 (ファージ)10685
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 553242 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0097748
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89410504
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.8164652
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0591188
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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