PDB-7xmh: Crystal structure of a rice class IIIb chitinase, Oschib2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xmh

タイトル

Crystal structure of a rice class IIIb chitinase, Oschib2

要素

Putative class III chitinase

キーワード

HYDROLASE / GH18 chitinase / family 8 pathogenesis-related protein

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Jun, T. / Tomoya, T. / Tomoyuki, N. / Takayuki, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plant Sci. / 年: 2023
タイトル: Characterization of two rice GH18 chitinases belonging to family 8 of plant pathogenesis-related proteins.
著者: Tanaka, J. / Takashima, T. / Abe, N. / Fukamizo, T. / Numata, T. / Ohnuma, T.

履歴

登録	2022年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xmh.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xmh.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rl3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative class III chitinase

ヘテロ分子

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.698, 69.403, 73.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative class III chitinase 分子量: 32062.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: OSJNBa0061K21.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8S870
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 3.0 M Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→46.72 Å / Num. obs: 101845 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 32.49
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / R_merge(I) obs: 0.167 / Num. unique obs: 4567

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RL3

4rl3

解像度: 1.18→46.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.374 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1658	5083	4.995 %
R_work	0.1597	96673	-
all	0.16	-	-
obs	-	101756	99.848 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.399 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.057 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.342 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→46.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2213	0	28	335	2576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.639	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.566	1.568	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.62	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.777	23.304	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.102	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.197	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	988
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	0.889	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.747	0.888	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.24	1.334	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.241	1.334	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.012	0.966	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.011	0.967	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.53	1.412	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.53	1.412	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.134	11.637	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.881	10.996	2612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.21	0.163	357	0.159	6975	X-RAY DIFFRACTION	98.0607
1.21-1.244	0.159	365	0.161	6883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.244-1.28	0.159	372	0.157	6687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.319	0.175	361	0.156	6524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.319-1.362	0.16	309	0.151	6344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.362-1.41	0.157	323	0.147	6131	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.463	0.162	271	0.153	5969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.463-1.523	0.149	322	0.145	5683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.523-1.59	0.152	308	0.143	5462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.668	0.141	286	0.142	5228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.668-1.758	0.162	286	0.149	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.865	0.146	231	0.147	4773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.993	0.145	252	0.148	4430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.993-2.153	0.178	200	0.148	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.153-2.358	0.164	181	0.151	3865	X-RAY DIFFRACTION	99.9753
2.358-2.635	0.176	179	0.164	3506	X-RAY DIFFRACTION	99.9729
2.635-3.041	0.172	149	0.18	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.722	0.202	137	0.172	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.722-5.249	0.156	132	0.171	2081	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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