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- PDB-7xmb: Crystal structure of Bovine heart cytochrome c oxidase, the struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xmb
タイトルCrystal structure of Bovine heart cytochrome c oxidase, the structure complexed with an allosteric inhibitor T113
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 12
  • CYTOCHROME C OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / respiratory enzyme / membrane protein / heme protein / allosteric inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / electron transport coupled proton transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily ...Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-J6X / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-J6X / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nishida, Y. / Shinzawa-Itoh, K. / Mizuno, N. / Kumasaka, T. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T. / Shintani, Y. / Takashima, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M2 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases.
著者: Yuya Nishida / Sachiko Yanagisawa / Rikuri Morita / Hideki Shigematsu / Kyoko Shinzawa-Itoh / Hitomi Yuki / Satoshi Ogasawara / Ken Shimuta / Takashi Iwamoto / Chisa Nakabayashi / Waka ...著者: Yuya Nishida / Sachiko Yanagisawa / Rikuri Morita / Hideki Shigematsu / Kyoko Shinzawa-Itoh / Hitomi Yuki / Satoshi Ogasawara / Ken Shimuta / Takashi Iwamoto / Chisa Nakabayashi / Waka Matsumura / Hisakazu Kato / Chai Gopalasingam / Takemasa Nagao / Tasneem Qaqorh / Yusuke Takahashi / Satoru Yamazaki / Katsumasa Kamiya / Ryuhei Harada / Nobuhiro Mizuno / Hideyuki Takahashi / Yukihiro Akeda / Makoto Ohnishi / Yoshikazu Ishii / Takashi Kumasaka / Takeshi Murata / Kazumasa Muramoto / Takehiko Tosha / Yoshitsugu Shiro / Teruki Honma / Yasuteru Shigeta / Minoru Kubo / Seiji Takashima / Yasunori Shintani /
要旨: Antimicrobial resistance (AMR) is a global health problem. Despite the enormous efforts made in the last decade, threats from some species, including drug-resistant Neisseria gonorrhoeae, continue to ...Antimicrobial resistance (AMR) is a global health problem. Despite the enormous efforts made in the last decade, threats from some species, including drug-resistant Neisseria gonorrhoeae, continue to rise and would become untreatable. The development of antibiotics with a different mechanism of action is seriously required. Here, we identified an allosteric inhibitory site buried inside eukaryotic mitochondrial heme-copper oxidases (HCOs), the essential respiratory enzymes for life. The steric conformation around the binding pocket of HCOs is highly conserved among bacteria and eukaryotes, yet the latter has an extra helix. This structural difference in the conserved allostery enabled us to rationally identify bacterial HCO-specific inhibitors: an antibiotic compound against ceftriaxone-resistant Neisseria gonorrhoeae. Molecular dynamics combined with resonance Raman spectroscopy and stopped-flow spectroscopy revealed an allosteric obstruction in the substrate accessing channel as a mechanism of inhibition. Our approach opens fresh avenues in modulating protein functions and broadens our options to overcome AMR.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: CYTOCHROME C OXIDASE
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: CYTOCHROME C OXIDASE
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,01080
ポリマ－489,72826
非ポリマー32,28254
水44,9472495
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: CYTOCHROME C OXIDASE
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,77341
ポリマ－244,86413
非ポリマー16,90928
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: CYTOCHROME C OXIDASE
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,23739
ポリマ－244,86413
非ポリマー15,37326
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.097, 204.337, 177.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 12種, 24分子 ANCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29985.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9532.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 BO

#27: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#2: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE


分子量: 65935.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

-
非ポリマー , 15種, 2545分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#19: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#20: 化合物 ChemComp-J6X / 2-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-1-benzothiophen-3-ol


分子量: 247.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NOS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu2
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#23: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8
詳細: sodium phosphate, PEG4000, decyl maltoside, ethylene glycol, DMSO, T113

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.98 Å / Num. obs: 648256 / % possible obs: 0.997 % / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 32.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 104005 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.452 / % possible all: 0.989

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5b1a

5b1a


解像度: 2.2→29.98 Å / SU ML: 0.2177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 22.5085
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 16655 5 %
Rwork0.178 615841 -
obs0.1793 648256 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28355 0 2202 2495 33052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00432232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.932243627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04524584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.954512164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.297810350.273619649X-RAY DIFFRACTION95.14
2.23-2.250.286810810.256720491X-RAY DIFFRACTION99.58
2.25-2.280.275410800.2420570X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.310.270310780.230820462X-RAY DIFFRACTION99.87
2.31-2.340.267910830.227920636X-RAY DIFFRACTION99.78
2.34-2.370.26310860.221420504X-RAY DIFFRACTION99.79
2.37-2.40.236710770.213420579X-RAY DIFFRACTION99.9
2.4-2.440.254910800.211120591X-RAY DIFFRACTION99.89
2.44-2.480.228310760.198720452X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.520.240610970.200920584X-RAY DIFFRACTION99.87
2.52-2.560.239310850.194520607X-RAY DIFFRACTION99.89
2.56-2.610.222510770.191920591X-RAY DIFFRACTION99.97
2.61-2.660.234710800.18520566X-RAY DIFFRACTION99.93
2.66-2.710.212510700.176620541X-RAY DIFFRACTION99.87
2.71-2.770.207710880.172720569X-RAY DIFFRACTION99.9
2.77-2.840.194310790.170420602X-RAY DIFFRACTION99.93
2.84-2.910.203610870.171620526X-RAY DIFFRACTION99.91
2.91-2.990.208710790.168920565X-RAY DIFFRACTION99.92
2.99-3.070.201810930.169520635X-RAY DIFFRACTION99.97
3.07-3.170.212510800.171420506X-RAY DIFFRACTION99.94
3.17-3.290.199610860.171620576X-RAY DIFFRACTION99.95
3.29-3.420.199910850.172520556X-RAY DIFFRACTION99.95
3.42-3.570.200810870.167820582X-RAY DIFFRACTION99.9
3.57-3.760.204110810.166420570X-RAY DIFFRACTION99.93
3.76-40.177610870.15920516X-RAY DIFFRACTION99.93
4-4.30.166810980.153220582X-RAY DIFFRACTION99.98
4.3-4.740.153910800.15320589X-RAY DIFFRACTION99.96
4.74-5.420.176110730.154220593X-RAY DIFFRACTION99.93
5.42-6.810.206210830.184820566X-RAY DIFFRACTION99.94
6.81-29.980.207410640.190220485X-RAY DIFFRACTION99.46

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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