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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xm8 | |||||||||||||||
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タイトル | Glucagon amyloid fibril | |||||||||||||||
要素 | Glucagonグルカゴン | |||||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid (アミロイド) / fibrils / glucagon (グルカゴン) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucagon receptor binding / : / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis ...glucagon receptor binding / : / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / protein kinase A signaling / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / response to activity / 糖新生 / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jeong, H. / Lin, Y. / Lee, Y.-H. | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomistic zipper-like amyloid structure of full-length glucagon 著者: Jeong, H. / Lee, Y. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xm8.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xm8.ent.gz | 97.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xm8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33290MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3486.781 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01275 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Glucagon amyloid fibril / タイプ: COMPLEX 詳細: Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan) Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 2.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan) |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20592 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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