[日本語] English
万見
- PDB-7xlz: Structure of siderophore-interacting protein from Vibrio anguillarum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xlz
タイトルStructure of siderophore-interacting protein from Vibrio anguillarum
要素Siderophore-interacting protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / siderophore-interacting protein / iron release / Vibrio anguillarum
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Siderophore-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio anguillarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Ma, Q. / Liu, C. / Han, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the siderophore-interacting protein from Vibrio anguillarum and its implications in classification of Vibrio homologs.
著者: Liu, C. / Han, Y. / Ma, Q.
履歴
登録2022年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Siderophore-interacting protein
B: Siderophore-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6754
ポリマ－60,1032
非ポリマー1,5712
水10,935607
1
A: Siderophore-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8372
ポリマ－30,0521
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
2
B: Siderophore-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8372
ポリマ－30,0521
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.622, 58.466, 70.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...
21(chain B and ((resid 10 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSER(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA10 - 2513 - 28
12LEULEULEULEU(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA2629
13SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
14SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
15SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
16SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
17SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
18SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
19SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
110SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
111SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
112SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
113SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
114SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
115SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
116SERSERFADFAD(chain A and (resseq 10:25 or (resid 26 and (name...AA - C10 - 30113
21SERSERSERSER(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB1013
22ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
23ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
24ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
25ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
26ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
27ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
28ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
29ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112
210ARGARGFADFAD(chain B and ((resid 10 and (name N or name...BB - D9 - 30112

-
要素

#1: タンパク質 Siderophore-interacting protein / vaSIP


分子量: 30051.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio anguillarum (strain ATCC 68554 / 775) (バクテリア)
株: ATCC 68554 / 775 / 遺伝子: VAA_01637 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: F7YRY1
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystal of VaSIP was grown in the drop containing 1.4 ul protein solution (60 mg/ml in 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, pH 7.5, 1 mM DTT) and 1.4 ul reservoir solution (0.1 M KBr, 30% (W/V) mPEG 2000).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→58.951 Å / Num. obs: 147256 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.19→1.194 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1171 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.528 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 74.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJan 10, 2022, built on 20220220データ削減
Aimlessversion 0.5.29データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gpj

2gpj


解像度: 1.19→58.951 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1615 7417 5.04 %
Rwork0.1378 139797 -
obs0.139 147214 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 46.2 Å2 / Biso mean: 14.8159 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.19→58.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3877 0 106 607 4590
Biso mean--7.76 25.05 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0325627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3941577
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2331X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
12B2331X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.19-1.20320.20181760.1757387880
1.2032-1.21740.19372300.1695438190
1.2174-1.23220.19392490.1838453095
1.2322-1.24780.19852230.1537464195
1.2478-1.26430.2382310.2048462795
1.2643-1.28160.18552210.1604461296
1.2816-1.29990.21332340.1692461794
1.2999-1.31930.17532550.1428462996
1.3193-1.33990.16382810.1318460195
1.3399-1.36190.18642570.1414454894
1.3619-1.38540.20152310.1538466396
1.3854-1.41060.15052550.1211466597
1.4106-1.43770.14772610.1296466897
1.4377-1.4670.15612340.1341472696
1.467-1.4990.17742460.1306467796
1.499-1.53380.18612490.1342468297
1.5338-1.57220.13312260.1091453993
1.5722-1.61470.15432380.1099468996
1.6147-1.66220.13622410.1101473698
1.6622-1.71590.1392690.1136474298
1.7159-1.77720.1482670.116475498
1.7772-1.84840.14422340.1266481698
1.8484-1.93250.1672540.1352468397
1.9325-2.03440.15222390.1277469296
2.0344-2.16180.16012330.1329482198
2.1618-2.32880.14252600.1357481599
2.3288-2.56310.15332600.1346486099
2.5631-2.9340.16882900.1465473197
2.934-3.69640.15613000.14434858100
3.6964-58.9510.16622730.1459491698

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る