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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xll | ||||||
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タイトル | Alanine racemase from Lactobacillus sakei Uonuma-1. | ||||||
要素 | Alanine racemase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / alanine racemase / PLP-dependent enzyme | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / ALANINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Latilactobacillus sakei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu-Ibuka, A. / Kato, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2023 タイトル: Regulation of alanine racemase activity by carboxylates and the d-type substrate d-alanine. 著者: Shimizu-Ibuka, A. / Sato, A. / Ichimura, H. / Hiraga, H. / Nakayama, S. / Nishiwaki, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xll.cif.gz | 221 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xll.ent.gz | 139.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xll.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xll_validation.pdf.gz | 476 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xll_full_validation.pdf.gz | 480.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xll_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xll_validation.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xll | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3e5pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41952.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB LC605911 由来: (組換発現) Latilactobacillus sakei (バクテリア) 遺伝子: C0213_08900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: alanine racemase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 化合物 | ChemComp-ALA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→62.52 Å / Num. obs: 76568 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.794 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3E5P 解像度: 1.76→62.52 Å / SU ML: 0.1792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4236 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→62.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.78 Å
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