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- PDB-7xlf: Crystal structure of CH3-THF complex of methylenetetrahydrofolate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xlf
タイトルCrystal structure of CH3-THF complex of methylenetetrahydrofolate reductase from Sphingobium sp. SYK-6
要素5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CH3-THF oxidation / Non-NADH/NAD+ binding type / TIM barrel / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methionine metabolic process / tetrahydrofolate interconversion
類似検索 - 分子機能
Methylenetetrahydrofolate reductase-like / Methylenetetrahydrofolate reductase / FAD-linked oxidoreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yu, H.Y. / Senda, M. / Senda, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101001 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structural of methylenetetrahydrofolate reductase from Sphingobium sp. SYK-6
著者: Yu, H.Y. / Senda, T.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5349
ポリマ－62,7262
非ポリマー2,8087
水7,008389
1
A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7144
ポリマ－31,3631
非ポリマー1,3513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8205
ポリマ－31,3631
非ポリマー1,4574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.127, 170.347, 45.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.548, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase


分子量: 31362.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
株: NBRC 103272 / SYK-6 / 遺伝子: metF, SLG_12750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G2IQS8, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.7 Å / Num. obs: 46088 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.853 / Num. unique obs: 2827 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XG9

7xg9


解像度: 1.85→38.88 Å / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1217
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 2341 5.09 %
Rwork0.1806 43682 -
obs0.1825 46023 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4207 0 175 389 4771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92686138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.35241651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.32851380.26122567X-RAY DIFFRACTION99.96
1.89-1.930.33191370.25582518X-RAY DIFFRACTION99.66
1.93-1.970.29311430.22392591X-RAY DIFFRACTION99.89
1.97-2.020.27621400.20882554X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.26331360.20022557X-RAY DIFFRACTION99.85
2.08-2.140.24581330.19422567X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.210.25291290.18282584X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.25511310.20162557X-RAY DIFFRACTION99.63
2.29-2.380.22141130.19332605X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.490.26981410.19342573X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.2391380.19912563X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.780.20711420.19982549X-RAY DIFFRACTION99.96
2.78-30.26231490.20442578X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.30.20961450.18652566X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.770.18921440.15872589X-RAY DIFFRACTION99.89
3.77-4.750.14911420.13142554X-RAY DIFFRACTION99.89
4.75-38.880.16171400.14532610X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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