PDB-7xlb: Cryo-EM structure of human pannexin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xlb

タイトル

Cryo-EM structure of human pannexin 2

要素

Pannexin-2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ATP channel / Calcium channel / heptamer

機能・相同性

機能・相同性情報

Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / monoatomic cation transport / response to ischemia / cell-cell signaling / monoatomic ion transmembrane transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

Hang, Z. / Huawei, Z. / Daping, W.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900046	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81972085	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172465	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of human heptameric pannexin 2 channel
著者: Zhang, H. / Wang, S. / Zhang, Z. / Hou, M. / Du, C. / Zhao, Z. / Vogel, H. / Li, Z. / Yan, K. / Zhang, X. / Lu, J. / Liang, Y. / Yuan, S. / Wang, D. / Zhang, H.

履歴

登録	2022年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xlb.cif.gz	565.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xlb.ent.gz	377.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xlb_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xlb_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7xlb_validation.xml.gz	74.8 KB	表示
CIF形式データ	7xlb_validation.cif.gz	106.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33276MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Pannexin-2

A: Pannexin-2

B: Pannexin-2

C: Pannexin-2

D: Pannexin-2

F: Pannexin-2

G: Pannexin-2

324 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Pannexin-2 分子量: 46301.543 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX2 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RD6
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Heptamer of human pannexin 2 channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.323 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F

緩衝液

pH: 7.6

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	2-Amino-2-hydroxymethyl-1,3-propanediol	Tris	1
2	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	0.02 %	Glyco-diosgenin	GDN	1

試料

濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108265 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.88 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0033	19530
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6135	26432
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0384	3045
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0106	3325
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.1514	2569

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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