PDB-7xl6: Cryo-EM structure of human pannexin 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xl6

タイトル

Cryo-EM structure of human pannexin 3

要素

Pannexin-3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ATP channel / Calcium channel / heptamer

機能・相同性

機能・相同性情報

gap junction hemi-channel activity / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / gap junction / monoatomic cation transport / calcium channel activity / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Hang, Z. / Huawei, Z. / Daping, W.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900046	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81972085	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172465	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human pannexin 3
著者: Hang, Z. / Huawei, Z. / Daping, W.

履歴

登録	2022年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xl6.cif.gz	617.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xl6.ent.gz	415.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xl6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xl6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7xl6_validation.xml.gz	79 KB	表示
CIF形式データ	7xl6_validation.cif.gz	113.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33273MC 8hwq M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: Pannexin-3

A: Pannexin-3

B: Pannexin-3

C: Pannexin-3

D: Pannexin-3

E: Pannexin-3

G: Pannexin-3

313 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Pannexin-3 分子量: 44734.219 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANX3 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QZ0

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Heptamer of human pannexin 3 channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 312.78 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	2-Amino-2-hydroxymethyl-1,3-propanediol	Tris	1
2	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	0.02 %	Glyco-diosgenin	GDN	1

試料

濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136536 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.14 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0023	21273
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5436	28875
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0366	3388
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0035	3535
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.0433	2800

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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