[日本語] English
万見
- PDB-7xl5: Crystal structure of the H42T/A85G/I86A mutant of a nadp-dependen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xl5
タイトルCrystal structure of the H42T/A85G/I86A mutant of a nadp-dependent alcohol dehydrogenase
要素NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / mutant / Thermoanaerobacter brockii
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Jiang, Y.Y. / Qu, G. / Li, X. / Sun, Z.T. / Han, X. / Liu, W.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Catal / 年: 2022
タイトル: Engineering the hydrogen transfer pathway of an alcohol dehydrogenase to increase activity by rational enzyme design
著者: Jiang, Y. / Li, X. / Liu, B. / Tong, F. / Qu, G. / Sun, Z.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
B: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
C: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
D: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,7224
ポリマ－153,7224
非ポリマー00
水6,053336
1
B: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
C: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

A: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

D: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,7224
ポリマ－153,7224
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation3_745-x+2,y-1/2,-z+1/21
Buried area14500 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area46310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.550, 130.867, 134.205
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 0 through 351)
21(chain B and resid 0 through 351)
31(chain C and resid 1 through 351)
41(chain D and resid 0 through 351)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1chain AAA0 - 3516 - 357
2chain BBB0 - 3516 - 357
3(chain C and resid 1 through 351)CC1 - 3517 - 357
4chain DDD0 - 3516 - 357

-
要素

#1: タンパク質
NADP-dependent isopropanol dehydrogenase


分子量: 38430.602 Da / 分子数: 4 / 変異: H42T, A85G, I86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 15% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.604→47.3 Å / Num. obs: 43076 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.83
反射 シェル解像度: 2.604→2.697 Å / Num. unique obs: 3863 / CC1/2: 0.865

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YKF

1ykf


解像度: 2.604→47.3 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 2162 5.02 %
Rwork0.1857 40908 -
obs0.1877 43070 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.01 Å2 / Biso mean: 37.2201 Å2 / Biso min: 10.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.604→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10564 0 0 336 10900
Biso mean---34.75 -
残基数----1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99614553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0936412
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6605X-RAY DIFFRACTION12.45TORSIONAL
12B6605X-RAY DIFFRACTION12.45TORSIONAL
13C6605X-RAY DIFFRACTION12.45TORSIONAL
14D6605X-RAY DIFFRACTION12.45TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.604-2.66450.2561220.2471235787
2.6645-2.73110.34281810.246263798
2.7311-2.80490.27621310.2393264498
2.8049-2.88750.27221360.2361273199
2.8875-2.98070.29511460.24342722100
2.9807-3.08720.2851340.23072723100
3.0872-3.21070.2761500.22552736100
3.2107-3.35680.26891460.20552741100
3.3568-3.53380.22471360.18472760100
3.5338-3.75510.19291390.17912754100
3.7551-4.04490.21450.16322758100
4.0449-4.45160.17741550.142779100
4.4516-5.09510.17781450.14282781100
5.0951-6.41680.2031360.16712832100
6.4168-47.30.19561600.16732953100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29630.8086-1.05412.2246-1.02543.07380.2888-0.19470.42060.41180.07760.098-0.79570.128-0.27680.3397-0.03650.04170.3027-0.0570.247327.3247171.869441.7049
21.63920.18470.01070.64890.09842.97640.0651-0.1501-0.01120.15010.0316-0.05110.0690.2424-0.10110.14260.0214-0.00410.2050.03490.181120.9175156.700335.0909
32.3192-0.1982-0.29780.88880.11461.4160.06280.360.1907-0.1007-0.01740.0144-0.19840.0225-0.01020.1625-0.02330.00370.19750.04550.20758.9633160.472920.0557
42.5120.6302-0.38743.87410.04151.85810.0589-0.02790.306-0.06560.0812-0.1811-0.23690.4332-0.21870.1433-0.0489-0.0080.39390.02860.206433.0102163.890827.739
51.6815-1.3338-0.93672.94831.54992.04540.2290.42720.3036-0.6961-0.0347-0.3768-0.5507-0.2291-0.14870.34510.00520.05150.39220.09590.250852.3924160.25867.4027
62.08760.3582-0.23493.21321.72453.36770.001-0.0809-0.63550.1621-0.21990.04170.5737-0.60390.17870.247-0.0739-0.00680.2867-0.01890.334749.9223140.873411.2844
73.219-1.0184-0.58931.78091.1143.04520.04370.1983-0.0528-0.1628-0.0577-0.10550.04350.06550.00060.1957-0.0340.01350.15030.02590.171858.5101149.548914.9751
80.89321.20350.36112.02281.31495.48520.0648-0.0713-0.03440.11580.0169-0.05930.37840.1466-0.0440.11180.0080.00490.0851-0.00690.1566.2772156.979333.1785
93.88490.03990.19261.33260.28472.6707-0.0278-0.13440.4719-0.06-0.0401-0.0783-0.3413-0.1010.01460.17960.00510.01470.09990.00960.253565.8346166.194936.491
102.04010.42880.29180.72140.04671.3221-0.16020.09080.2204-0.20860.04480.0375-0.09160.14770.01640.18440.0023-0.02930.20220.01160.201471.1163158.398926.7296
112.7996-0.72940.49132.3105-0.51351.20810.07740.07490.06330.2228-0.01230.44140.0168-0.4041-0.00960.165-0.0792-0.02190.3167-0.02950.204946.7935155.8428.5959
122.2763-0.8878-1.66624.3086-1.05265.5264-0.06530.35170.6917-0.3836-0.10490.0414-0.7427-0.31190.05660.21020.05470.02250.30750.06960.255146.6107167.000520.1543
132.57040.9095-0.47051.6314-1.0292.12610.1004-0.4187-0.41320.2325-0.171-0.08510.00170.10650.0450.3181-0.069-0.02390.25740.06260.260580.8601144.776863.3811
142.6082-0.3241-0.78491.41230.08312.38070.09130.0442-0.34150.0536-0.0669-0.01040.4613-0.08450.01840.2983-0.069-0.03950.15590.04230.257966.4341132.064741.0631
151.42570.00740.14641.4753-0.95791.5404-0.0062-0.2383-0.11240.19080.05310.0388-0.027-0.2215-0.11390.327-0.08180.03750.29150.02420.229866.9163142.959960.6702
161.31751.898-0.29683.1066-0.42390.38450.2777-0.2972-0.60780.3965-0.4564-0.36020.4415-0.1953-0.11930.508-0.0266-0.02940.29120.11170.584482.8232181.324665.0503
172.60850.6231-0.19771.4687-0.25151.4048-0.0601-0.1942-0.4435-0.07620.16-0.05430.20640.0652-0.01450.2811-0.0017-0.02210.27740.05890.293781.7452192.557257.9767
181.9636-0.19370.88430.4905-0.25291.6995-0.0467-0.1871-0.2397-0.00920.09140.13870.2214-0.3112-0.07850.2326-0.07050.01110.20050.03380.301468.4725196.735550.5684
190.8502-0.175-0.4780.446-0.12580.391-0.04310.524-0.6429-0.46040.09390.16110.698-0.3907-0.06860.4219-0.1552-0.09050.2869-0.09410.421759.7785192.648730.7654
202.0297-0.4079-0.72041.63210.49333.0942-0.10640.212-0.435-0.3114-0.0603-0.04490.2306-0.1661-0.01590.3629-0.0221-0.03570.2512-0.0440.360674.2759192.351529.0387
211.26030.2844-0.11580.4922-0.28222.46180.2699-0.1956-0.14650.03280.0030.36650.359-0.0742-0.09220.2626-0.01030.02110.29470.05780.24673.5122203.90554.6773
220.33610.4378-0.31610.6189-0.1181.9985-0.0594-0.5218-0.36720.32850.0510.40890.3037-0.5339-0.12480.2737-0.08990.05290.380.14120.334160.7234195.030458.1589
231.3845-0.2791-0.71261.5882-0.81942.06-0.189-0.359-0.46940.1764-0.09550.13540.6054-0.2463-0.10760.409-0.13830.05920.27020.20590.602465.4112180.825958.2542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 60 )A1 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 210 )A61 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 310 )A211 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 311 through 351 )A311 - 351
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 59 )B1 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 60 through 79 )B60 - 79
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 80 through 150 )B80 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 176 )B151 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 177 through 269 )B177 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 270 through 310 )B270 - 310
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 311 through 327 )B311 - 327
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 328 through 351 )B328 - 351
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 150 )C1 - 150
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 151 through 292 )C151 - 292
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 293 through 352 )C293 - 352
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 26 )D1 - 26
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 27 through 112 )D27 - 112
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 113 through 210 )D113 - 210
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 211 through 245 )D211 - 245
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 246 through 292 )D246 - 292
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 293 through 310 )D293 - 310
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 311 through 326 )D311 - 326
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 327 through 351 )D327 - 351

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る