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Yorodumi- PDB-7xl5: Crystal structure of the H42T/A85G/I86A mutant of a nadp-dependen... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xl5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the H42T/A85G/I86A mutant of a nadp-dependent alcohol dehydrogenase | ||||||
Components | NADP-dependent isopropanol dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / mutant / Thermoanaerobacter brockii | ||||||
Function / homology | Function and homology information isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoanaerobacter brockii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.604 Å | ||||||
Authors | Jiang, Y.Y. / Qu, G. / Li, X. / Sun, Z.T. / Han, X. / Liu, W.D. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mol Catal / Year: 2022 Title: Engineering the hydrogen transfer pathway of an alcohol dehydrogenase to increase activity by rational enzyme design Authors: Jiang, Y. / Li, X. / Liu, B. / Tong, F. / Qu, G. / Sun, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xl5.cif.gz | 528.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7xl5.ent.gz | 441.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xl5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7xl5_validation.pdf.gz | 455.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7xl5_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | Display | |
Data in XML | 7xl5_validation.xml.gz | 51.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7xl5_validation.cif.gz | 71.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/7xl5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ykfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU
|
-Components
#1: Protein | Mass: 38430.602 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H42T, A85G, I86A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter brockii (bacteria) / Gene: adh / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 15% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 8, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.604→47.3 Å / Num. obs: 43076 / % possible obs: 98.73 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.604→2.697 Å / Num. unique obs: 3863 / CC1/2: 0.865 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YKF Resolution: 2.604→47.3 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.01 Å2 / Biso mean: 37.2201 Å2 / Biso min: 10.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.604→47.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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