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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xks | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an alkaline pectate lyase from Bacillus clausii | ||||||
![]() | Pectate lyase | ||||||
![]() | LYASE / alkaline pectate | ||||||
機能・相同性 | ![]() pectate lyase / pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, C. / Zheng, Y.Y. / Liu, W.D. / Ma, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of an Alkaline Pectate Lyase and Rational Engineering with Improved Thermo-Alkaline Stability for Efficient Ramie Degumming. 著者: Zhou, C. / Cao, Y. / Xue, Y. / Liu, W. / Ju, J. / Ma, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 893.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 894.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3vmwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33623.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pelA / プラスミド: PET28a 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0P0J4R7, pectate lyase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M Mgcl2, 0.1M HEPEs, 30% PEG 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 26611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 21.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.768 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 276885 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VMW 解像度: 1.78→27.27 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.15 Å2 / Biso mean: 22.5313 Å2 / Biso min: 11.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→27.27 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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