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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xkg
タイトルCrystal structure of an intramolecular mesacyl-CoA transferase from the 3-hydroxypropionic acid cycle of Roseiflexus castenholzii
要素Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Mesaconyl-CoA isomerase / : / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / transferase activity / Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
機能・相同性情報
生物種Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Min, Z.Z. / Fan, C.P. / Wu, W.P. / Xin, Y.Y. / Liu, M.H. / Zhang, X. / Wang, Z.G. / Xu, X.L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171227 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870740 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570738 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of an Intramolecular Mesaconyl-Coenzyme A Transferase From the 3-Hydroxypropionic Acid Cycle of Roseiflexus castenholzii .
著者: Min, Z. / Zhang, X. / Wu, W. / Xin, Y. / Liu, M. / Wang, K. / Zhang, X. / He, Y. / Fan, C. / Wang, Z. / Xu, X.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
B: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
C: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
D: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
E: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
F: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,2786
ポリマ－283,2786
非ポリマー00
水31,4541746
1
A: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
B: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4262
ポリマ－94,4262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
2
C: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
D: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4262
ポリマ－94,4262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13380 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
3
E: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein
F: Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4262
ポリマ－94,4262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area29200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)364.413, 210.118, 73.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase-like protein


分子量: 47213.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア)
株: DSM 13941 / HLO8 / 遺伝子: Rcas_0911 / 詳細 (発現宿主): pEASY-E1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7NHS9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14 % PEG4000, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 188922 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.43 Å2 / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 15.82
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique obs: 9443 / CC1/2: 0.902 / CC star: 0.974 / Rpim(I) all: 0.189 / Rrim(I) all: 0.492 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot3.27モデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.5→44.42 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 9367 4.97 %
Rwork0.1587 178955 -
obs0.1604 188322 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.85 Å2 / Biso mean: 30.5313 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18792 0 0 1746 20538
Biso mean---34.39 -
残基数----2435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.530.25772790.19525517579691
2.53-2.560.23193000.176859366236100
2.56-2.590.21572710.172860766347100
2.59-2.620.22082860.172160836369100
2.62-2.650.21663180.175858936211100
2.65-2.690.21253200.181259936313100
2.69-2.730.24393280.181760546382100
2.73-2.770.22753190.17065882620199
2.77-2.810.20232920.16475977626999
2.81-2.860.19743330.1659506283100
2.86-2.910.19253050.159659746279100
2.91-2.960.21613060.170460836389100
2.96-3.020.21523310.173159156246100
3.02-3.080.24143110.175560286339100
3.08-3.150.19572780.170660486326100
3.15-3.220.20393190.1659966315100
3.22-3.30.20312860.167460246310100
3.3-3.390.21563390.172860076346100
3.39-3.490.19092970.161760226319100
3.49-3.60.18663060.15965955626199
3.6-3.730.20853160.15985957627399
3.73-3.880.17133100.141960666376100
3.88-4.060.16283350.141259516286100
4.06-4.270.16153230.133959896312100
4.27-4.540.15963480.131759746322100
4.54-4.890.16523320.138960066338100
4.89-5.380.16483370.14585918625599
5.38-6.150.20682950.164860866381100
6.15-7.740.20053200.17265990631099
7.75-44.420.16063270.15295605593292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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