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万見
- PDB-7xk8: Cryo-EM structure of the Neuromedin U receptor 2 (NMUR2) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xk8
タイトルCryo-EM structure of the Neuromedin U receptor 2 (NMUR2) in complex with G Protein and its endogeneous Peptide-Agonist NMU25
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
  • Neuromedin-U receptor 2
  • Neuromedin-U-25
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuromedin U receptor activity / neuromedin U binding / type 1 neuromedin U receptor binding / type 2 neuromedin U receptor binding / neuromedin U receptor binding / negative regulation of gastric emptying / positive regulation of stomach fundus smooth muscle contraction / positive regulation of sensory perception of pain / positive regulation of prolactin secretion / photoperiodism ...neuromedin U receptor activity / neuromedin U binding / type 1 neuromedin U receptor binding / type 2 neuromedin U receptor binding / neuromedin U receptor binding / negative regulation of gastric emptying / positive regulation of stomach fundus smooth muscle contraction / positive regulation of sensory perception of pain / positive regulation of prolactin secretion / photoperiodism / negative regulation of gastric acid secretion / negative regulation of eating behavior / reduction of food intake in response to dietary excess / gastric acid secretion / positive regulation of heat generation / regulation of grooming behavior / neuropeptide receptor activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / positive regulation of smooth muscle contraction / grooming behavior / regulation of smooth muscle contraction / feeding behavior / eating behavior / arachidonate secretion / response to pain / temperature homeostasis / positive regulation of systemic arterial blood pressure / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of heart rate / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / energy homeostasis / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of mitotic spindle organization / Peptide ligand-binding receptors / central nervous system development / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / terminal bouton / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell signaling / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration
類似検索 - 分子機能
Neuromedin U receptor / Neuromedin U receptor, type 2 / Neuromedin-U receptor 2, C-terminal domain / Neuromedin-U receptor 2, C-terminal / Neuromedin U, C-terminal / Neuromedin-U / Neuromedin U / Neuromedin U / Neuromedin U, amidation site / Neuromedin U signature. ...Neuromedin U receptor / Neuromedin U receptor, type 2 / Neuromedin-U receptor 2, C-terminal domain / Neuromedin-U receptor 2, C-terminal / Neuromedin U, C-terminal / Neuromedin-U / Neuromedin U / Neuromedin U / Neuromedin U, amidation site / Neuromedin U signature. / G-protein alpha subunit, group I / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuromedin-U / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Neuromedin-U receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhao, W. / Wenru, Z. / Mu, W. / Minmin, L. / Shutian, C. / Tingting, T. / Gisela, S. / Holger, W. / Albert, B. / Cuiying, Y. ...Zhao, W. / Wenru, Z. / Mu, W. / Minmin, L. / Shutian, C. / Tingting, T. / Gisela, S. / Holger, W. / Albert, B. / Cuiying, Y. / Xiaojing, C. / Han, S. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ligand recognition and activation of neuromedin U receptor 2.
著者: Wenli Zhao / Wenru Zhang / Mu Wang / Minmin Lu / Shutian Chen / Tingting Tang / Gisela Schnapp / Holger Wagner / Albert Brennauer / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Shuo Han / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: Neuromedin U receptor 2 (NMU2), an emerging attractive target for treating obesity, has shown the capability in reducing food intake and regulating energy metabolism when activated. However, drug ...Neuromedin U receptor 2 (NMU2), an emerging attractive target for treating obesity, has shown the capability in reducing food intake and regulating energy metabolism when activated. However, drug development of NMU2 was deferred partially due to the lack of structural information. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of NMU2 bound to the endogenous agonist NmU-25 and G at 3.3 Å resolution. Combined with functional and computational data, the structure reveals the key factors that govern the recognition and selectivity of peptide agonist as well as non-peptide antagonist, providing the structural basis for design of novel and highly selective drugs targeting NMU2. In addition, a 25-degree rotation of G protein in reference to NMU2 is also observed compared in other structures of class A GPCR-G complexes, suggesting heterogeneity in the processes of G protein-coupled receptors (GPCRs) activation and G protein coupling.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Neuromedin-U-25
R: Neuromedin-U receptor 2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8385
ポリマ－134,8385
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neuromedin-U-25 / NmU-25


分子量: 3083.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: C-terminal amidation / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48645
#2: タンパク質 Neuromedin-U receptor 2 / NMU-R2 / G-protein coupled receptor FM-4 / G-protein coupled receptor TGR-1


分子量: 44701.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMUR2, NMU2R, TGR1 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: Q9GZQ4
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40447.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P63096
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Insecta environmental sample (昆虫) / 参照: UniProt: P59768
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NmU25-NMU2-Gi1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM4- (2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.002 mg/mlLauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
40.0002 mg/mlCholesteryl hemisuccinateCHS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: NICKEL/TITANIUM
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / バージョン: 3.7 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 912031 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 71.4 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026943
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4369477
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9374050
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381125
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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