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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xjn | ||||||
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タイトル | Structure of VcPotD1 in complex with norspermidine | ||||||
要素 | Putrescine-binding periplasmic protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / PotD family / polyamine binding protein / norspermidine / Vibrio cholerae | ||||||
機能・相同性 | polyamine binding / polyamine transport / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / N-(3-aminopropyl)propane-1,3-diamine / Putrescine-binding periplasmic protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of VcPotD1 in complex with norspermidine 著者: Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xjn.cif.gz | 535.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xjn.ent.gz | 440 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xjn_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xjn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xjn_validation.xml.gz | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xjn_validation.cif.gz | 74.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/7xjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/7xjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1poyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37036.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_1424 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KS37 #2: 化合物 | ChemComp-NSD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-P6G / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The crystal of VcPotD1 in complex with norspermidine was obtained in the drop containing 1.5 ul 60 mg/ml protein (10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5, incubated with 32.4 mM norspermidine for 2 ...詳細: The crystal of VcPotD1 in complex with norspermidine was obtained in the drop containing 1.5 ul 60 mg/ml protein (10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5, incubated with 32.4 mM norspermidine for 2 h at 4 oC) and 1.5 ul reservoir solution (100 mM sodium cacodylate HCl/pH 6.5, 32% PEG 8000, 200 mM sodium acetate). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.787→174.428 Å / Num. obs: 124265 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.787→1.793 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1214 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.294 / Rrim(I) all: 1.097 / Rsym value: 1.057 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1POY 解像度: 1.79→87.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
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原子変位パラメータ | Biso max: 148.01 Å2 / Biso mean: 37.59 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→87.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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