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- PDB-7xjm: Structure of VcPotD1 in complex with spermidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xjm
タイトルStructure of VcPotD1 in complex with spermidine
要素Putrescine-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PotD family / polyamine binding protein / spermidine / Vibrio cholerae
機能・相同性polyamine binding / polyamine transport / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / SPERMIDINE / Putrescine-binding periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Ma, Q. / Liu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of VcPotD1 in complex with spermidine
著者: Ma, Q. / Liu, C.
履歴
登録2022年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putrescine-binding periplasmic protein
B: Putrescine-binding periplasmic protein
C: Putrescine-binding periplasmic protein
D: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,48811
ポリマ－148,1484
非ポリマー1,3407
水14,304794
1
A: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4653
ポリマ－37,0371
非ポリマー4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1822
ポリマ－37,0371
非ポリマー1451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4653
ポリマ－37,0371
非ポリマー4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putrescine-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3763
ポリマ－37,0371
非ポリマー3392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.825, 87.214, 174.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putrescine-binding periplasmic protein


分子量: 37036.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_1424 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KS37
#2: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystal of VcPotD1 in complex with spermidine was grown in the drop containing 1.5 ul 60 mg/ml protein (10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5, incubated with 32.4 mM spermidine for 2 h at 4 oC) ...詳細: The crystal of VcPotD1 in complex with spermidine was grown in the drop containing 1.5 ul 60 mg/ml protein (10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5, incubated with 32.4 mM spermidine for 2 h at 4 oC) and 1.5 ul reservoir solution (100 mM sodium cacodylate HCl/pH 6.5, 32% PEG 8000, 200 mM sodium acetate).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.755→87.26 Å / Num. obs: 131344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.755→1.761 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1255 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 1.214 / Rsym value: 1.167 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSFeb 5, 2021, built on 20210323データ削減
Aimlessversion 0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1POY

1poy


解像度: 1.755→87.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 6559 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 131246 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.1 Å2 / Biso mean: 37.08 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.594 Å20 Å20 Å2
2---2.3495 Å20 Å2
3---3.9434 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.755→87.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10288 0 91 794 11173
Biso mean--46.25 38.3 -
残基数----1281
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3660SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes281HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1478HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10673HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1339SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13060SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10673HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14455HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.4
LS精密化 シェル解像度: 1.755→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 431 5.04 %
Rwork0.216 8122 -
obs--88.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7298-0.4950.42151.7684-0.55221.80520.0698-0.0374-0.0967-0.1088-0.06610.12140.2441-0.4286-0.0036-0.05750.0149-0.01280.0343-0.0287-0.0862-39.3546-0.3005-10.071
21.3099-0.0717-0.07421.6196-0.38691.96330.08520.38020.2137-0.1983-0.1024-0.023-0.0317-0.29480.0172-0.10230.10920.0258-0.0010.0675-0.1062-32.48828.6977-18.2869
31.39720.2727-1.47241.5023-0.29794.41230.2629-0.02740.39490.1214-0.1055-0.18-0.77740.0172-0.1574-0.03020.04890.0004-0.1787-0.00210.0513-23.636220.1992-1.6743
41.89390.08840.34791.98250.13962.1140.00160.21710.2318-0.3281-0.07510.0891-0.0039-0.55970.0735-0.11160.0843-0.03320.11610.0217-0.0972-43.19338.5791-17.2676
500.5861.81271.9470.27692.2608-0.0818-0.06070.3453-0.5474-0.2740.0967-0.581-0.0940.35580.01260.1151-0.0824-0.120.02980.0983-31.050523.6252-14.0476
60.62260.97542.49021.01320.17160.9070.0288-0.0477-0.0104-0.0383-0.1907-0.34560.1440.45460.1619-0.1140.08110.0176-0.01720.08440.1096-13.80367.6126-3.6031
74.8537-0.62911.05893.3633-0.52834.7890.05050.15850.09670.2813-0.0998-0.8306-0.13670.3590.0493-0.07110.0203-0.1051-0.1430.00060.026615.3532-4.2992-18.8569
83.0602-0.2293-0.34262.4821-0.00933.69970.05420.36340.4540.1936-0.0744-0.1795-0.5461-0.32460.0202-0.0070.1058-0.0396-0.1010.0586-0.0812.86554.9051-21.6763
90.67850.140.65030.7477-1.87820.1585-0.00980.16420.10340.13370.0117-0.0626-0.0894-0.1999-0.00190.16430.3040.1783-0.04880.2366-0.0483-1.147612.2298-26.4959
101.57410.27871.38411.372-0.37031.77640.34450.2129-0.2594-0.2646-0.0524-0.02860.3669-0.2267-0.2921-0.04860.0556-0.07080.0562-0.0124-0.176-5.4176-13.5971-36.8959
111.6392-0.078-0.9722.5296-0.00420.5298-0.02920.1119-0.0641-0.1290.0658-0.32910.1071-0.0353-0.03650.03250.12990.0060.1487-0.0291-0.17124.6964-12.2211-43.4116
121.573-0.32561.11942.178-0.37591.84780.12060.44620.2687-0.1435-0.1053-0.3348-0.3068-0.0892-0.0154-0.09180.08840.0350.00910.0647-0.16864.9098-0.7621-31.3708
134.6957-0.24551.06032.08470.29962.8676-0.0201-0.09010.2583-0.19330.0015-0.4552-0.24630.25790.0186-0.0548-0.03060.0218-0.09970.0073-0.02389.40894.758423.3365
141.6914-0.03810.21241.03940.05710.62850.1125-0.5295-0.2930.15-0.0657-0.09530.1655-0.111-0.0468-0.0609-0.0216-0.02470.04040.0765-0.0708-0.4937-3.350432.3484
151.3735-0.1138-0.14391.88950.91071.30410.0193-0.13030.07430.05590.03480.079-0.13910.0181-0.0541-0.05050.00520.01210.0943-0.0425-0.1362-17.39213.44937.3546
160.8457-0.6089-0.59510.94640.70861.01810.0002-0.50.11780.03240.1716-0.18-0.07640.2309-0.1718-0.0404-0.0444-0.00280.184-0.1035-0.1015-2.866613.878738.4628
173.44340.198-0.36931.92650.80631.81440.0491-0.5073-0.4060.03610.0385-0.51660.09320.2383-0.0876-0.09480.0076-0.0494-0.02110.05870.091214.124-4.37629.5623
181.5895-0.4059-0.98431.6055-0.03830-0.0436-0.541-0.03970.17060.0888-0.0849-0.01030.182-0.0451-0.0848-0.0012-0.01320.1108-0.0243-0.1918-4.24294.598938.541
193.2471-0.15950.18922.40470.29821.15650.04040.13340.3011-0.2171-0.12870.2163-0.1808-0.35740.0884-0.0580.0633-0.04180.0362-0.0517-0.0193-43.8922-2.13526.1872
201.22410.11410.1380.63770.07480.42680.0087-0.1760.01470.0367-0.08090.0279-0.0224-0.16690.0722-0.050.0117-0.0038-0.014-0.0268-0.0436-31.8269-7.756414.1595
211.5726-0.1698-0.07280.80720.48571.9161-0.00650.0928-0.1617-0.04860.0093-0.10960.12210.1051-0.0028-0.03350.00520.007-0.0533-0.0080.0453-14.061-21.89573.9219
221.1601-0.02740.15890.51810.14330.5970.0108-0.0132-0.1124-0.032-0.06660.06050.028-0.16110.0558-0.0473-0.00940.0001-0.0176-0.0245-0.0104-34.654-16.52985.5632
230.8099-0.1154-0.15491.0634-0.18490.6865-0.0275-0.1125-0.1110.0271-0.01410.1560.0493-0.10490.0416-0.0069-0.01430.0002-0.0194-0.00110.0435-28.4402-22.952813.4123
242.0268-0.2986-1.60370.11090.14593.1172-0.00870.07490.1481-0.04540.0071-0.2723-0.26230.13840.00160.0141-0.0364-0.0066-0.03780.03030.036-11.8818-8.66193.2113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|68 }A23 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|69 - A|141 }A69 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|142 - A|253 }A142 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|254 - A|302 }A254 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|303 - A|329 }A303 - 329
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|330 - A|344 }A330 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|24 - B|58 }B24 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|59 - B|113 }B59 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|114 - B|121 }B114 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|122 - B|231 }B122 - 231
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|232 - B|249 }B232 - 249
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|250 - B|343 }B250 - 343
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|24 - C|78 }C24 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|79 - C|141 }C79 - 141
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|142 - C|197 }C142 - 197
16X-RAY DIFFRACTION16{ C|198 - C|262 }C198 - 262
17X-RAY DIFFRACTION17{ C|263 - C|283 }C263 - 283
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|284 - C|344 }C284 - 344
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|23 - D|51 }D23 - 51
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|52 - D|140 }D52 - 140
21X-RAY DIFFRACTION21{ D|141 - D|198 }D141 - 198
22X-RAY DIFFRACTION22{ D|199 - D|302 }D199 - 302
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|303 - D|332 }D303 - 332
24X-RAY DIFFRACTION24{ D|333 - D|343 }D333 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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