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- PDB-7xjb: Rat-COMT, opicapone,SAM and Mg bond -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xjb
タイトルRat-COMT, opicapone,SAM and Mg bond
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme S-adenosylmethionone catechol / catecholamine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / negative regulation of dopamine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / habituation / artery development / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / response to salt / dopamine catabolic process / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / cholesterol efflux / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to cytokine / learning / kidney development / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / : / visual learning / multicellular organism growth / regulation of blood pressure / memory / response to wounding / cognition / response to estrogen / response to toxic substance / cell body / gene expression / methylation / vesicle / dendritic spine / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Opicapone / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Takebe, K. / Iijima, H. / Suzuki, M. / Kuwada-Kusunose, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15K08034 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101001 (0318) 日本
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Structural and Computational Analyses of the Unique Interactions of Opicapone in the Binding Pocket of Catechol O -Methyltransferase: A Crystallographic Study and Fragment Molecular Orbital Analyses.
著者: Takebe, K. / Suzuki, M. / Kuwada-Kusunose, T. / Shirai, S. / Fukuzawa, K. / Takamiya, T. / Uzawa, N. / Iijima, H.
履歴
登録2022年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,21022
ポリマ－99,6664
非ポリマー3,54418
水3,981221
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8116
ポリマ－24,9171
非ポリマー8945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7885
ポリマ－24,9171
非ポリマー8714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
3
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7885
ポリマ－24,9171
非ポリマー8714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
4
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8236
ポリマ－24,9171
非ポリマー9075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.158, 166.158, 125.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...
21(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...
31(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...
41(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA3 - 105 - 12
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA1113
13SERSERSERSER(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA0 - 2162 - 218
14SERSERSERSER(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA0 - 2162 - 218
15SERSERSERSER(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA0 - 2162 - 218
16SERSERSERSER(chain A and (resid 3 through 10 or (resid 11...AA0 - 2162 - 218
21ASPASPLEULEU(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 105 - 12
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB1113
23SERSERSERSER(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB0 - 2162 - 218
24SERSERSERSER(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB0 - 2162 - 218
25SERSERSERSER(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB0 - 2162 - 218
26SERSERSERSER(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB0 - 2162 - 218
31ASPASPPROPRO(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...CC3 - 225 - 24
32SERSERTHRTHR(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...CC24 - 3426 - 36
33LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...CC3638
34ASPASPPROPRO(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...CC3 - 2155 - 217
35GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24...CC3739
41ASPASPALAALA(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD3 - 175 - 19
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD1820
43PROPROPROPRO(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD19 - 2221 - 24
44SERSERTHRTHR(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD24 - 3426 - 36
45LYSLYSTHRTHR(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD36 - 9938 - 101
46GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD100102
47GLNGLNLEULEU(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD101 - 108103 - 110
48GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD109111
49ASPASPLYSLYS(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD110 - 128112 - 130
410LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD129131
411TYRTYRGLUGLU(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD130 - 155132 - 157
412LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD156158
413CYSCYSARGARG(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD157 - 161159 - 163
414LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD162164
415GLYGLYPROPRO(chain D and (resid 3 through 17 or (resid 18...DD163 - 215165 - 217

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Catechol O-methyltransferase


分子量: 24916.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 239分子

#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DNI / Opicapone / 5-[3-[2,5-bis(chloranyl)-4,6-dimethyl-1-oxidanidyl-pyridin-1-ium-3-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-3-nitro-benzene-1,2-diol


分子量: 413.169 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10Cl2N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 Litium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→12 Å / Num. obs: 54691 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / Num. unique obs: 4433 / CC1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LFE

6lfe


解像度: 2.6→11.996 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 2747 5.09 %
Rwork0.1624 51230 -
obs0.1641 53977 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.32 Å2 / Biso mean: 43.7435 Å2 / Biso min: 22.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→11.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6687 0 226 221 7134
Biso mean--41.58 42.54 -
残基数----860
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2528X-RAY DIFFRACTION3.571TORSIONAL
12B2528X-RAY DIFFRACTION3.571TORSIONAL
13C2528X-RAY DIFFRACTION3.571TORSIONAL
14D2528X-RAY DIFFRACTION3.571TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6-2.64440.29751330.2352519
2.6444-2.69190.26051280.21622553
2.6919-2.74310.23231470.21762506
2.7431-2.79840.21941340.20992533
2.7984-2.85840.26161350.2122527
2.8584-2.9240.25691260.20312535
2.924-2.9960.23031460.18682526
2.996-3.07570.24771330.18912540
3.0757-3.16460.20531410.18412527
3.1646-3.26480.22141300.17162555
3.2648-3.37890.20861230.17112559
3.3789-3.5110.17061390.15372557
3.511-3.66640.1911550.14732534
3.6664-3.85360.19321320.14622562
3.8536-4.08610.18251160.1392603
4.0861-4.38720.14211530.13212551
4.3872-4.80280.14981310.12382594
4.8028-5.44020.17071410.1452611
5.4402-6.65350.20071390.18052651
6.6535-11.9960.18851650.15332687
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6982-0.06630.81431.4424-0.6061.7352-0.0187-0.10740.09130.064-0.0530.0053-0.04850.03030.07330.2339-0.00120.03250.2019-0.02330.1915-75.867316.736637.8311
21.03770.04210.4372.0004-0.96771.5186-0.02980.04870.0089-0.1002-0.0309-0.04080.02130.05440.05850.21080.02120.01820.2511-0.02650.2027-65.12583.46212.534
32.39860.3977-0.61641.64580.27371.9088-0.01240.01210.3007-0.06520.02890.0031-0.29690.1367-0.01290.3614-0.0355-0.05950.26660.02230.3391-67.866546.159224.2591
41.87210.52140.21362.82890.71272.19030.04920.1149-0.0608-0.10710.0496-0.4779-0.06270.5119-0.0940.249-0.00030.01940.42880.05010.3454-34.64354.968426.4604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 216)A0 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 216)B0 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 3 through 215)C3 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 3 through 215)D3 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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